Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,208,930 | G→T | 8.8% | R64S (CGT→AGT) ‡ | tfaE ← | e14 prophage; putative tail fiber assembly protein TfaE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,208,930 | 0 | G | T | 8.8% | 284.5 / 10.7 | 87 | R64S (CGT→AGT) ‡ | tfaE | e14 prophage; putative tail fiber assembly protein TfaE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (37/42); new base T (2/6); total (39/48) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.88e-01 |
GTATGGAGATAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACACCAACGGCAAGATATTCATTTGAAGTGGAAATATATTCCCGTGTTTCACCATCGTAGTTATAAACGGTAACATCCCC > NC_000913/1208784‑1209074 | gTATGGAGATAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCa > 2:283065/1‑150 (MQ=255) tATGGAGATAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAg < 2:1193960/150‑1 (MQ=255) tGGAGATAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGAt > 1:1179728/1‑150 (MQ=255) agaTAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCCGTTCTGCAGAtttt < 2:193873/150‑3 (MQ=255) agaTAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCCGTTCTGCAGAtttt < 1:967339/150‑3 (MQ=255) gaTAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCCGTTCTGCAGAtttta < 1:231515/150‑4 (MQ=255) gaTAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCa < 2:629703/150‑1 (MQ=255) aTAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCATGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCAt < 1:1230191/150‑1 (MQ=255) aTAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCCGTTCTGCAGAttttaa < 2:168703/150‑5 (MQ=255) aTAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCAt < 2:1066287/150‑1 (MQ=255) tAAAGGGGCGTTAGTGGTTGTATTTTCATGGTAATCTCCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCCGTTCTGCAGAttttaac < 2:520145/150‑6 (MQ=255) tAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCCGTTCTGCAGAttttaac < 1:1260856/150‑6 (MQ=255) tAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATa < 1:405262/150‑1 (MQ=255) aGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAAcc > 1:255854/1‑150 (MQ=255) aGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAAcc > 1:628812/1‑150 (MQ=255) gCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATGACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGcc < 2:807233/150‑1 (MQ=255) gATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCtt > 1:983035/1‑150 (MQ=255) aTAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTa < 2:226626/150‑1 (MQ=255) tGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTAtgtg < 1:242872/150‑1 (MQ=255) tGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCAAATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTAtgtg < 2:217704/150‑1 (MQ=255) ggTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATgtgt > 2:1624148/1‑150 (MQ=255) ggTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATgtgt < 1:119301/150‑1 (MQ=255) gTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTa > 1:1025453/1‑150 (MQ=255) ttGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTAtg > 1:1488349/1‑145 (MQ=255) ttGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTAtg < 2:1488349/145‑1 (MQ=255) aTTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAgg > 1:327762/1‑150 (MQ=255) ttttCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAggg > 1:351553/1‑150 (MQ=255) tCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTa < 1:50161/141‑1 (MQ=255) tCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTa > 2:50161/1‑141 (MQ=255) tCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCa < 1:180658/150‑1 (MQ=255) cAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCAt > 2:875443/1‑150 (MQ=255) gggTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCt > 2:494620/1‑150 (MQ=255) gggTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCt > 2:791039/1‑150 (MQ=255) 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cTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAggg < 1:231517/128‑1 (MQ=255) cTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAggg > 2:231517/1‑128 (MQ=255) aTTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACAGGa < 2:284268/137‑1 (MQ=255) aTTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACAGGa > 1:284268/1‑137 (MQ=255) aTTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATg < 1:601378/150‑1 (MQ=255) tttCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGc < 1:178764/150‑1 (MQ=255) ttttGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACATGAACATGCCGGAATGCCGac < 2:202970/150‑1 (MQ=255) tttGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGaca < 2:983035/150‑1 (MQ=255) tGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACAcc > 1:403479/1‑150 (MQ=255) ctcCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCa < 1:1485735/79‑1 (MQ=255) ctcCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCa > 2:1485735/1‑79 (MQ=255) ctcCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACACCAACgg > 1:1337353/1‑150 (MQ=255) 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aaaaTCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACACCAACGGCAAGATATTCATTTGAAGTGGAAATATATTCCCGTGTTTCACCATCGTAGTTATAAACGGt > 1:173637/1‑150 (MQ=255) aaaaTCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACACCAACGGCAAGATATTCATTTGAAGTGGAAATATATTCCCGTGTTTCACCATCGTAGTTATAAACGGt < 2:351553/150‑1 (MQ=255) aaaTCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACACCAACGGCAAGATATTCATTTGAAGTGGAAATATATTCCCGTGTTTCACCATCGTAGTTATAAACGGTa < 2:1376785/150‑1 (MQ=255) aTCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACACCAACGGCAAGATATTCATTTGAAGTGGAAATATATTCCCGTGTTTCACCATCGTAGTTATAAACGGTAAc > 1:842887/1‑150 (MQ=255) tCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACACCAACGGCAAGATATTCATTTGAAGTGGAAATATATTCCCGTGTTTCACCATCGTAGTTATAAACGGTAACa < 2:74017/150‑1 (MQ=255) aGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACACCAACGGCAAGATATTCATTTGAAGTGGAAATATATTCCCGTGTTTCACCATCGTAGTTATAAACGGTAACATcccc < 2:628812/150‑1 (MQ=255) | GTATGGAGATAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACACCAACGGCAAGATATTCATTTGAAGTGGAAATATATTCCCGTGTTTCACCATCGTAGTTATAAACGGTAACATCCCC > NC_000913/1208784‑1209074 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |