| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,212,470 | A→C | 7.7% | intergenic (‑166/+70) | ymgK ← / ← ymgL | protein YmgK/protein YmgL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,212,470 | 0 | A | C | 7.7% | 419.8 / 21.6 | 141 | intergenic (‑166/+70) | ymgK/ymgL | protein YmgK/protein YmgL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/68); new base C (3/8); total (65/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
ATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAATGATTTAACCTGTTCCTGGCTAAAATACATATAACCGGATGATGACTAAACCAAAATACATGTGCGTTAAGTATTGAAACGGACGTGTGGCACGGCCGTTGTTTTTATAAATATGTTAACCGTTATAAAATAACGTATCAAAAGTCAAGTGATCACATTTCAAATATCAAGTTGATAGTATTAGTCTGGTGATTATTTATGGGTGACAATAAAAAGACAGTATTAATCAT > NC_000913/1212322‑1212617 | ataACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAATGATTTAACCTGTTCCTGGCTAAAATACATATAACCGGATGATGACTAAACCAAAATACATGTGCGTTAAGTATTGAAACGGAc > 2:1175562/1‑150 (MQ=255)ataACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAATGATTTAACCTGTTCCTGGCTAAAATACATATAACCGGATGATGACTAAACAAAAATACATGTGCGTTAAGTATTGAAACGGAc > 2:805621/1‑150 (MQ=255) taACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATAGGAATGATTTAACCTGTTCCTGGCTAAAATACATATAACCGGATGATGCCTAAACCAAAATACATGTGCGTTAAGTATTGAAACGGACg > 2:1423218/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |