| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,263,006 | A→G | 6.6% | N165N (AAT→AAC) | lolB ← | outer membrane lipoprotein LolB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,263,006 | 0 | A | G | 6.6% | 274.0 / 7.4 | 91 | N165N (AAT→AAC) | lolB | outer membrane lipoprotein LolB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/40); new base G (3/3); total (48/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
GCCACTGTGTCCGCATTATTTCACTATCCAGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACTGGTCGTCCAGTTTGTAGTCGGTTGCATCACCCGGTAAACCTAAAATCCACTGGCGCAAGCTGTTGAGCGGAATTGGCATTCCGGTCAATTTGCCAATCATCTCTTC > NC_000913/1262862‑1263146 | gCCACTGTGTCCGCATTATTTCACTATCCAGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTg > 1:650362/1‑150 (MQ=255) ccACTGTGTCCGCATTATTTCACTATCCAGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTgg > 1:1254758/1‑150 (MQ=255) cACTGTGTCCGCATTATTTCACTATCCAGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGc < 1:1036623/150‑1 (MQ=255) cACTGTGTCCGCATTATTTCACTATCCAGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGc > 2:1226981/1‑150 (MQ=255) cACTGTGTCCACATTATTTCACTATCCAGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGc < 1:204319/150‑1 (MQ=255) aCTGTGTCCGCATTATTTCACTATCCAGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCt < 2:175205/150‑1 (MQ=255) cTGTGTCCGCATTATTTCACTATCCAGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTg > 2:150650/1‑150 (MQ=255) ccGCATTATTTCACTATCCAGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTa > 2:1590769/1‑150 (MQ=255) ccGCATTATTTCACTATCCAGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTa > 2:1608122/1‑150 (MQ=255) tattTCACTATCCAGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCg > 2:878265/1‑150 (MQ=255) tttCACTATCCAGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCt > 1:1283200/1‑150 (MQ=255) tttCACTATCCAGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCt > 1:1277137/1‑150 (MQ=255) ttCACTATCCAGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTc < 1:150650/150‑1 (MQ=255) tCACTATCCAGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCGTTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCa > 1:845040/1‑150 (MQ=255) tCACTATCCAGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCGTTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCa > 1:309200/1‑150 (MQ=255) tCACTATCCAGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCGTTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCa > 1:850664/1‑150 (MQ=255) cTATCCAGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGc < 1:1302400/150‑1 (MQ=255) cTATCCAGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGc > 1:325985/1‑150 (MQ=255) aTCCAGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCt > 1:1602534/1‑143 (MQ=255) aTCCAGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCt < 2:1602534/143‑1 (MQ=255) cAGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAATCAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTAc > 1:51473/1‑150 (MQ=255) aGTTATCCATTTTTAGCTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACt < 1:1307955/150‑1 (MQ=255) aGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACt > 1:1621503/1‑150 (MQ=255) tATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAATCAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACTGgt < 2:51473/150‑1 (MQ=255) 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ccGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACTGGTCGTCCAGTTTGTAGTCGGTTGCATCAccc < 2:1521051/150‑1 (MQ=255) cGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACTGGTCGTCCAGTTTGTAGTCGGTTGCATCACCCg < 1:1534538/150‑1 (MQ=255) cGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACTGGTCGTCCAGTTTGTAGTCGGTTGCATCACCCGGTa < 2:982725/150‑1 (MQ=255) gTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACTGGTCGTCCAGTTTGTAGTCGGTTGCATCACCCGGTaaa > 2:1026528/1‑150 (MQ=255) gAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACTGGTCGTCCAGTTTGTAGTCGGTTGCATCACCCGGTAAAcc < 1:908152/150‑1 (MQ=255) gAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACTGGTCGTCCAGTTTGTAGTCGGTTGCATCACCCGGTAAAcc < 1:576201/150‑1 (MQ=255) aGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACTGGTCGTCCAGTTTGTAGTCGGTTGCATCACCCGGTAAACCt > 2:484598/1‑150 (MQ=255) tCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACTGGTCGTCCAGTTTGTAGTCGGTTGCATCACCCGGTAAACCTaaa > 1:462367/1‑150 (MQ=255) ccATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACTGGTCGTCCAGTTTGTAGTCGGTGGCATCACCCGGTAAACCTaaaa < 2:655401/150‑1 (MQ=255) atatTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACTGGTCGTCCAGTTTGTAGTCGGTTGCATCACCCGGTAAACCTAAAATc < 2:1596588/150‑1 (MQ=255) atTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACTGGTCGTCCAGTTTGTAGTCGGTTGCATCACCCGGTAAACCTAAAATCCa > 2:850115/1‑150 (MQ=255) tggctggcATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACTGGTCGTCCAGTTTGTAGTCGGTTGCATCACCCGGTAAACCTAAAATCCACt < 1:313542/150‑1 (MQ=255) gctggcATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACTGGTCGTCCAGTTTGTAGTCGGTTGCATCACCCGGTAAACCTAAAATCCACTgg > 2:201665/1‑150 (MQ=255) tggcATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCGTTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACTGGTCGTCCAGTTTGTAGTCGGTTGCATCACCCGGTAAACCTAAAATCCACTGgcg < 2:845040/150‑1 (MQ=255) tggcATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCGTTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACTGGTCGTCCAGTTTGTAGTCGGTTGCATCACCCGGTAAACCTAAAATCCACTGgcg < 2:850664/150‑1 (MQ=255) tggcATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCGTTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACTGGTCGTCCAGTTTGTAGTCGGTTGCATCACCCGGTAAACCTAAAATCCACTGgcg < 2:309200/150‑1 (MQ=255) tCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACTGGTCGTCCAGTTTGTAGTCGGTTGCATCACCCGGTAAACCTAAAATCCACTGGCGCAAGc > 2:1579048/1‑150 (MQ=255) tCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACTGGTCGTCCAGTTTGTAGTCGGTTGCATCACCCGGTAAACCTAAAATCCACTGGCGCAAGc > 2:823245/1‑150 (MQ=255) cAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACTGGTCGTCCAGTTTGTAGTCGGTTGCATCACCCGGTAAACCTAAAATCCACTGGCGCAAGCTGt < 2:1127367/150‑1 (MQ=255) cAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACTGGTCGTCCAGTTTGTAGTCGGTTGCATCACCCGGTAAACCTAAAATCCACTGGCGCAAGCTGt < 1:1608122/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) | GCCACTGTGTCCGCATTATTTCACTATCCAGTTATCCATTTTTAACTTGATGCGTTGACCACCGTCGGTGAGTTCCATATTGGCTGGCATCGCAGGTTGCGTTTTGGTGTCATAACCACCATAAACAACCTTCCAGTTTTTGCCATTCTGGCTGTAGGTAATTTCGCTCAGGCGGTACTGGTCGTCCAGTTTGTAGTCGGTTGCATCACCCGGTAAACCTAAAATCCACTGGCGCAAGCTGTTGAGCGGAATTGGCATTCCGGTCAATTTGCCAATCATCTCTTC > NC_000913/1262862‑1263146 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |