| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,292,474 | T→C | 6.2% | intergenic (+109/+35) | galU → / ← hns | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,292,474 | 0 | T | C | 6.2% | 336.9 / 9.3 | 112 | intergenic (+109/+35) | galU/hns | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/55); new base C (2/5); total (52/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
CTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCGTTTTCGTC > NC_000913/1292332‑1292622 | cTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGa > 1:447652/1‑150 (MQ=255)cTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGa > 1:115228/1‑150 (MQ=255) tGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGAt < 2:1563127/150‑1 (MQ=255) ggCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGAtt > 2:110613/1‑150 (MQ=255) gCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGAttt < 2:108752/150‑1 (MQ=255) ttGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCAGCGGCGGGAttttt < 1:425189/150‑2 (MQ=255) tGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCAGCGGCGGGAtttttt < 2:1392674/150‑3 (MQ=255) tGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCAGCGGCGGGAtttttt < 1:989425/150‑3 (MQ=255) tGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCAGCGGCGGGAtttttt < 2:607625/150‑3 (MQ=255) tGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCCGACAATAAAAAATCCCGCCAGCGGCGGGAtttttt < 2:1398264/150‑3 (MQ=255) tGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCT‑‑TTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGc > 2:604273/1‑150 (MQ=255) gaagaaGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAg < 1:711819/150‑1 (MQ=255) aagaagAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGc < 1:707678/150‑1 (MQ=255) agaagaGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCa > 2:433247/1‑150 (MQ=255) agaTGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGc < 1:958650/150‑1 (MQ=255) ggCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCt > 1:932149/1‑150 (MQ=255) ggCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCt > 2:1501220/1‑150 (MQ=255) gCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTa > 2:578574/1‑150 (MQ=255) ttAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACaa > 1:1022115/1‑150 (MQ=255) agaagTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAg < 2:341589/150‑1 (MQ=255) agaagTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAg < 2:305334/150‑1 (MQ=255) agaagTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAg < 2:49778/150‑1 (MQ=255) gaagTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGa > 1:1601828/1‑150 (MQ=255) tAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGattat > 2:306331/1‑150 (MQ=255) aaCATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCCGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGattatt < 2:363510/150‑1 (MQ=255) caacagaaTCGTTGATATAAACAAAACGGCTATGAGAAATACACGCAGTTATTATATACATTAATATTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGc > 2:1379218/8‑150 (MQ=255) cATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGc < 1:433247/150‑1 (MQ=255) ccGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTg > 2:1165627/1‑150 (MQ=255) aTCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCa < 2:897126/150‑1 (MQ=255) gtgtTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGaa > 1:1463814/1‑150 (MQ=255) tgtTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGaaa < 1:41508/150‑1 (MQ=255) gtTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAAt < 2:584785/150‑1 (MQ=255) gtTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTATTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAAt > 1:1398923/1‑150 (MQ=255) 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aaTAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTa < 1:1089685/150‑1 (MQ=255) aTAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAg < 1:100653/150‑1 (MQ=255) tAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGt < 1:586650/150‑1 (MQ=255) taaaaTCCCGCCAGCGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGgtt > 2:1332727/2‑150 (MQ=255) aaaTCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCg > 2:1510588/1‑150 (MQ=255) aTCCCGCCAGCGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGcc > 1:985782/1‑150 (MQ=255) tCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCg < 1:306331/150‑1 (MQ=255) gccgcTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCGtttt < 2:1483972/150‑1 (MQ=255) ccgcTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCGTTTTc > 2:694157/1‑150 (MQ=255) cgcTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCGTTTTCg < 1:694157/150‑1 (MQ=255) cgcTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGAAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCGTTTTCg < 1:629325/150‑1 (MQ=255) cTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCGTTTTCGTc < 1:884617/150‑1 (MQ=255) | CTGGCTTGAAGAAGAGATGGGCATTAAGAAGTAACATCCGTATCGGTGTTATCCACGAAACGGCGTTGAGCAATCGACGCCGTTTTTTTATAGCTTATTCTTATTAAATTGTCTTAAACCGGACAATAAAAAATCCCGCCGCTGGCGGGATTTTAAGCAAGTGCAATCTACAAAAGATTATTGCTTGATCAGGAAATCGTCGAGGGATTTACCTTGCTCATCCATTGCTTTTTTGATTACAGCTGGAGTACGGCCTTGGCCAGTCCAGGTTTTAGTTTCGCCGTTTTCGTC > NC_000913/1292332‑1292622 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |