| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,376,953 | G→C | 10.1% | C41S (TGT→TCT) ‡ | ycjS → | putative oxidoreductase YcjS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,376,953 | 0 | G | C | 10.1% | 271.0 / 16.5 | 88 | C41S (TGT→TCT) ‡ | ycjS | putative oxidoreductase YcjS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/41); new base C (4/5); total (42/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
CTGGTTGCGTACCTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTACGAACATACCCTGA > NC_000913/1376804‑1377102 | cTGGTTGCGTACCTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGctgtctg < 1:437100/150‑1 (MQ=255) ggTTGCGTACCTGCTATGAGGGCTTTGTGAACCGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATCTTAGGCGCAGGCCAGGTGTCGGATAAGGTTCATGGTTCGTACTACTGCACCGGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCtgtg < 2:1433062/150‑1 (MQ=255) ggTTGCGTACCTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCtgtg < 2:1004210/150‑1 (MQ=255) 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acatgatAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCTCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAgccgc > 1:1118300/7‑150 (MQ=255) aCCTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAgccgc > 1:729633/1‑150 (MQ=255) ccTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCACAGACAgccacc < 2:1165292/150‑1 (MQ=255) ccTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTCCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGCGGCTGTCACAGACAgccacc < 1:1590522/150‑1 (MQ=255) cTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCt < 2:941576/150‑1 (MQ=255) cTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGCGGCTGTCACAGACAgccacca < 1:908522/150‑2 (MQ=255) tAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTcc > 2:1262524/1‑150 (MQ=255) aaGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCGGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTccc < 2:490957/150‑1 (MQ=255) aaGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAA‑AGGCGGCTGTCACAGACAgccaccagttcca > 2:1321775/1‑143 (MQ=255) aaGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAA‑AGGCGGCTGTCACAGACAgccaccagttcca < 1:1321775/150‑8 (MQ=255) 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aGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACggg < 2:535249/150‑1 (MQ=255) aGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGCGGCTGTCACAGACAgccaccagt > 2:626123/1‑115 (MQ=255) aGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGCGGCTGTCACAGACAgccaccagt < 1:626123/118‑4 (MQ=255) gCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCACAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGa > 1:96697/1‑150 (MQ=255) ctcCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATg > 2:1065014/1‑150 (MQ=255) ctcCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATg < 1:990781/150‑1 (MQ=255) 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ggAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCa < 2:149413/150‑1 (MQ=255) aaCTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCAtt < 2:42950/150‑1 (MQ=255) aaCTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCAtt < 1:561621/150‑1 (MQ=255) aaaggcggCTGTCACAGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTa > 1:792101/7‑150 (MQ=255) cTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTAc > 1:1583034/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |