| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,413,031 | T→A | 6.7% | S69C (AGC→TGC) ‡ | intR ← | Rac prophage; putative integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,413,031 | 0 | T | A | 6.7% | 332.9 / 9.3 | 105 | S69C (AGC→TGC) ‡ | intR | Rac prophage; putative integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/49); new base A (2/5); total (51/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
ACAAATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCGAAACA > NC_000913/1412882‑1413177 | acaAATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCt < 1:660678/150‑1 (MQ=255) caAATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTg > 1:1031729/1‑150 (MQ=255) ttattattCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACt > 1:1232040/1‑150 (MQ=255) 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ccccAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTAACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCATGCCTATTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTc > 2:779371/1‑150 (MQ=255) cccAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCg > 1:235091/1‑150 (MQ=255) | ACAAATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCGAAACA > NC_000913/1412882‑1413177 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |