| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 144,812 | T→G | 5.4% | L79* (TTA→TGA) | yadI → | putative PTS enzyme IIA component YadI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 144,812 | 0 | T | G | 5.4% | 346.5 / 8.0 | 111 | L79* (TTA→TGA) | yadI | putative PTS enzyme IIA component YadI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/60); new base G (2/4); total (47/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GTGCCGGGCCGTGAATTTCTGGCGCGGATTAAGCTCTAATATGCTCAGCCGCATGATGTGCGATGCTCTGCATGAAGCGGACTCTGGTGAGGGTGTCATCTTCTTAACCGATATAGCCGGAGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGTTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTGG > NC_000913/144663‑144960 | gTGCCGGGCCGTGAATTTCTGGCGCGGATTAAGCTCTAATATGCTCAGCCGCATGATGTGCGATGCTCTGCATGAAGCGGACTCTGGTGAGGGTGTCATCTTCTTAACCGATATAGCCGGAGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCattatt > 2:1069395/1‑150 (MQ=255) gCCGGGCCGTGAATTTCTGGCGCGGATTAAGCTCTAATATGCTCAGCCGCATGATGTGCGATGCTCTGCATGAAGCGGACTCTGGTGAGGGTGTCATCTTCTTAACCGATATAGCCGGAGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTaa > 2:303926/1‑150 (MQ=255) ccGGGCCGTGAATTTCTGGCGCGGATTAAGCTCTAATATGCTCAGCCGCATGATGTGCGATGCTCTGCATGAAGCGGACTCTGGTGAGGGTGTCATCTTCTTAACCGATATAGCCGGAGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAg < 1:771866/150‑1 (MQ=255) 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tCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGTTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGagtagt > 1:1381570/1‑150 (MQ=255) attattAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGTTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCt < 2:46129/150‑1 (MQ=255) attaAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGTTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTg < 1:1240467/150‑1 (MQ=255) attaAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGTTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTg > 2:44129/1‑150 (MQ=255) ttaAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAATTGATTTCTGGTGTCAAGTTACCGTTAATTGTACAGATGATGGCTTGCAGTGAAACCATGTCCAGTTAAGAGTTTCTATAGACTATTGTAGAAATGGGTGCAAGGGAGGAGAGTAGTCTATgg > 2:694141/1‑150 (MQ=255) | GTGCCGGGCCGTGAATTTCTGGCGCGGATTAAGCTCTAATATGCTCAGCCGCATGATGTGCGATGCTCTGCATGAAGCGGACTCTGGTGAGGGTGTCATCTTCTTAACCGATATAGCCGGAGCGCCACCGTATCGCGTGGCTTCATTATTAAGCCACAAACACTCCCGTTGCGAAGTGATTTCTGGTGTCACGTTACCGTTAATTGAACAGATGATGGCTTGCCGTGAAACCATGACCAGTTCAGAGTTTCGCGAGCGTATTGTCGAACTGGGTGCGCCGGAGGTGAGTAGTCTTTGG > NC_000913/144663‑144960 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |