Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,533,713 | A→C | 6.0% | F47V (TTT→GTT) | yddH ← | flavin reductase‑like protein YddH |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,533,713 | 0 | A | C | 6.0% | 296.1 / 9.9 | 100 | F47V (TTT→GTT) | yddH | flavin reductase‑like protein YddH |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/51); new base C (4/2); total (47/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.70e-01 |
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TTCATCACGCCCCGACACACTTCCCACCGCCCACGTCCAGTTAGTTGCTGCAACGCCCGGGATAACGATGCCAAATTTACCGTTATGTTCAATCAACTCCCTGGTCCATGTCGATTTATCTACCACAATCGCCACGCGTGGAGGTTCAAACTCCACCGGCATTGACCAGGCTGCAGCCATAATGTTACGCCGCTGGGATTGCTCATCGAAACTGGTGATCAAGACCGTTGGGCCATGATTTAACAGACGGCTGGCATGGTGTAATTCTATGGGGATGAATCGGCTCATGGTATCGCCT > NC_000913/1533564‑1533861 | ttCATCCCGCCCCGACACACTTCCCACCGCCCACGTCCAGTTAGTTGCTGCAACGCCCGGGATAACGATGCCAAATTTACCGTTATGTTCAATCAACTCCCTGGTCCATGTCGATTTATCTACCACAATCGCCACGCGTGGAGGTTCaaa > 2:1494635/1‑150 (MQ=255) ttCATCACGCCCCGACACACTTCCCACCGCCCACCTCCAGTTAGTTGCTGCAACGCCCGGGATAACGATGCCAAATTTACCGTTATGTTCAATCAACTCCCTGGTCCATGTCGATTTATCTACCACAATCGCCACGCGTGGAGGTTCaaa > 2:1488747/1‑150 (MQ=255) tcatcaCGCCCCGACACTCTTCCCAGCGCCCACGGCCAGTTAGTTGCTGCAACGCCCGGGATAACGATGCCAAATTTACCGTTATGTTCAATCAACTCCCTGGTCCATGTCGATTTATCTACCACAATCGCCACGCGTGGAGGTTCAAAc < 2:1102654/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |