Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,590,605 | C→T | 5.0% | intergenic (‑69/+249) | yneL ← / ← hipA | putative HTH‑type transcriptional regulator YneL/serine/threonine kinase HipA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,590,605 | 0 | C | T | 5.0% | 312.5 / 3.9 | 100 | intergenic (‑69/+249) | yneL/hipA | putative HTH‑type transcriptional regulator YneL/serine/threonine kinase HipA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/49); new base T (2/3); total (47/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TGACATCGTAATGTTCATTCAGCATCTGTCGCCTGACTTCATTGAGACGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCAGGGAATAACCAGGCTATTTCTCCATGCACAGGCCAATTATGAAAGAGGAGAGGCTTAAGTTCTTGAACCCTGAACGAATAACGACTACCAGAAAAGCACTTCGCATCACTCAGACATGATTTA > NC_000913/1590458‑1590754 | tgACATCGTAATGTTCATTCAGCATCTGTCGCCTGACTTCATTGAGACGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCgacag < 1:1065585/150‑1 (MQ=255) aCATCGTAATGTTCATTCAGCATCTGTCGCCTGACTTCATTGAGACGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCgacagac > 1:1116690/1‑150 (MQ=255) aTCGTAATGTTCATTCAGCATCTGTCGCCTGACTTCATTGAGACGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGacac < 1:599496/150‑1 (MQ=255) cGTAATGTTCATTCAGCATCTGTCGCCTGACTTCATTGAGACGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTg < 2:834373/150‑1 (MQ=255) cGTAATGTTCATTCAGCATCTGTCGCCTGACTTCATTGAGACGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTg > 2:1496052/1‑150 (MQ=255) aaTGTTCATTCCTCATCGTGCGCCTGTCTTAATTTCTCCGGATCCATTTCTTATAACGGCTGGGCCGCCTTGCCGCGTGATCCGGCCGTAAATAAGTAACCTCCCCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTGTCGCATAGACACTgcat < 2:1423444/150‑3 (MQ=255) aaTGTTCATTCAGCATCTGTCGCCTGACTTCATTGAGACGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTgcgc < 2:1307373/150‑1 (MQ=255) aTGTTCATTCAGCATCTGTCGCCTGACTTCATTGAGACGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTGTCGCATAGACACTgcata < 1:951543/150‑4 (MQ=255) tcattcaGCATCTGTCGCCTGACTTCATTGAGACGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTa < 1:171700/150‑1 (MQ=255) cattcaGCATCTGTCGCCTGACTTCATTGAGACGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAg > 1:582455/1‑150 (MQ=255) ttcaGCATCTGTCGCCTGACTTCATTGAGACGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCa > 2:131006/1‑150 (MQ=255) aGCATCTGTCGCCTGACTTCATTGAGACGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATgg < 1:130167/150‑1 (MQ=255) cATCAGTCGCCTGACTTCATTGAGTCGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCGCGCTTGATCGGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATgggg < 2:1098185/150‑1 (MQ=255) tCTGTCGCCTGACTTCATTGAGACGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCa > 2:1534133/1‑150 (MQ=255) tCTGTCGCCTGACTTCATTGAGACGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCAACCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCa < 2:445850/150‑1 (MQ=255) tGTCGCCTGACTTCATTGAGACGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCAgg > 1:58894/1‑150 (MQ=255) gTCGCCTGACTTCATTGAGACGTAGCCATTTCTGATAGCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGGCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCAggg < 2:956161/150‑1 (MQ=255) cGCCTGACTTCATTGAGACGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCAGGGaa > 1:39008/1‑150 (MQ=255) 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tCATTGTTACGTAGCGATTTCTGTTTGCGGAGTGGACTCTTTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATTAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTGTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCAGGGAATAACCAGGc < 2:1357806/150‑1 (MQ=255) tCATTGAGACGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGc > 2:449631/1‑135 (MQ=255) tCATTGAGACGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCAGGGAATAACCAGGc < 1:1268021/150‑1 (MQ=255) tCATTGAGACGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCAGGGAATAACCAGGc > 1:833581/1‑150 (MQ=255) cATTGAGACGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCAGGGAATAACCAGGCt > 1:1178957/1‑150 (MQ=255) cATTGAGACGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCAGGGAATAACCAGGCt < 1:382999/150‑1 (MQ=255) gaCGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCAGGAAATAACCAGGCTATTtct > 2:202792/1‑150 (MQ=255) cGTAGCCATATCTGATACAGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGAGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCAGGGAATAACCAGGCTATTTCTcc > 2:1136471/1‑150 (MQ=255) gTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCAGGGAATAACCAGGCTATTTCTCCa < 1:280976/150‑1 (MQ=255) gTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCAGGGAATAACCAGGCTATTTCTCCa < 1:275270/150‑1 (MQ=255) 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gCAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCAGGGAATAACCAGGCTATTTCTCCATGCACAGGCCAATTATGAAAGAGGAGAGGCTTAAGTTCTTGAACCCTGAACGAATAACGACTACCAGAAAAGCACTTCGCATCa > 1:203081/1‑150 (MQ=255) ccAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCAGGGAATAACCAGGCTATTTCTCCATGCACAGGCCAATTATGAAAGAGGAGAGGCTTAAGTTCTTGAACCCTGAACGAATAACGACTACCAGAAAAGCACTTCGCATCa > 1:203084/2‑150 (MQ=255) cAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCAGGGAATAACCAGGCTATTTCTCCATGCACAGGCCAATTATGAAAGAGGAGAGGCTTAAGTTCTTGAACCCTGAACGAATAACGACTACCAGAAAAGCACTTCGCATCAc > 2:527392/1‑150 (MQ=255) tgtCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCAGGGAATAACCAGGCTATTTCTCCATGCACAGGCCAATTATGAAAGAGGAGAGGCTTAAGTTCTTGAACCCTGAACGAATAACGACTACCAGAAAAGCACTTCGCATCACTCa < 2:582455/150‑1 (MQ=255) tATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCAGGGAATAACCAGGCTATTTCTCCATGCACAGGCCAATTATGAAAGAGGAGAGGCTTAAGTTCTTGAACCCTGAACGAATAACGACTACCAGAAAAGCACTTCGCATGACTCATACa < 2:1415818/150‑1 (MQ=255) 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acagacaCTGCGCTCTTAGCATGGGGCAGGGAATAACCAGGCTATTTCTCCATGCACAGGCCAATTATGAAAGAGGAGAGGCTTAAGTTCTTGAACCCTGAACGAATAACGACTACCAGAAAAGCACTTCGCATCACTCAGACATGAttt > 1:1013609/1‑150 (MQ=255) cagacaCTGCGCTCTTAGCATGGGGCAGGAAATAACCAGGCTATTTCTCCATGCACAGGCCAATTATGAAAGAGGAGAGGCTTAAGTTCTTGAACCCTGAACGAATAACGACTACCAGAAAAGCACTTCGCATCACTCAGACATGATTTa < 1:202792/150‑1 (MQ=255) | TGACATCGTAATGTTCATTCAGCATCTGTCGCCTGACTTCATTGAGACGTAGCCATTTCTGATACCGGAGTGGACTCATTCCCGCTTGATCCGTCCTTAAATAAGTAACAGCACCCTCTGGTGTTTTCGTATGCAGTGTCTATGCGACAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCAGGGAATAACCAGGCTATTTCTCCATGCACAGGCCAATTATGAAAGAGGAGAGGCTTAAGTTCTTGAACCCTGAACGAATAACGACTACCAGAAAAGCACTTCGCATCACTCAGACATGATTTA > NC_000913/1590458‑1590754 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |