| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 153,928 | G→A | 5.3% | S500L (TCA→TTA) | htrE ← | putative fimbrial usher protein HtrE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 153,928 | 0 | G | A | 5.3% | 370.7 / 5.7 | 115 | S500L (TCA→TTA) | htrE | putative fimbrial usher protein HtrE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/58); new base A (2/4); total (52/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
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TGTTACTGTAGCCAATAGAGTAATTGCTACGATTTTGTCCGGAAGCCCAGTAATCGGACCAACTTCCGGAAAGATAAAATGAACCGTAATCTTTTTTCTCAAATTTCAACGGTTGGTTAATACTGACCGTAACCTGATTTTTCATGCGTGAGTAATTACGCATGGATTTCGGTTCAAGATCTTGTTCGGGATGTTTCACTTCATCAATTAGAGTTAGTGCATCATTAAGACCAAGGTAATTCTGTGTCGAATAGCGATAGGCCGCGATATTCAGTGAAGTACTTGTTTCTTCGAATAAC > NC_000913/153779‑154077 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |