| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,625,306 | C→A | 6.2% | intergenic (+15/+29) | ydeJ → / ← dcp | conserved protein YdeJ/peptidyl‑dipeptidase Dcp |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,625,306 | 0 | C | A | 6.2% | 325.8 / 7.7 | 97 | intergenic (+15/+29) | ydeJ/dcp | conserved protein YdeJ/peptidyl‑dipeptidase Dcp |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/49); new base A (2/4); total (44/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.18e-01 | |||||||||||
GGTACCGTCTGGTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGC > NC_000913/1625157‑1625445 | ggTACCGTCCGGTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGctggcctggc > 2:1197457/1‑150 (MQ=255) gTACCGTCTGGTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCg < 1:1082785/150‑1 (MQ=255) gTACCGTCTGGTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCg < 2:1266713/150‑1 (MQ=255) gTACCGTCTGGTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCg < 1:1544686/150‑1 (MQ=255) gTACCGTCTGGTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCg < 2:234181/150‑1 (MQ=255) tACCGTCTGGTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTTCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGctggcctggc > 1:333334/1‑148 (MQ=255) tACCGTCTGGTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTTCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGctggcctggc < 2:333334/148‑1 (MQ=255) ccGTCTGGTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGata < 2:1621435/150‑1 (MQ=255) cGTCTGGTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGatat > 2:1574177/1‑150 (MQ=255) tttGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGgc < 1:540313/150‑1 (MQ=255) ttGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTCTTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGgcc < 2:1027991/150‑1 (MQ=255) gCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCT‑GAGATATCGccaggccag < 1:567990/150‑1 (MQ=255) gTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCT‑GAGATATCGCCAGgccagcc < 1:393889/150‑1 (MQ=255) tGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGgccagcca < 2:590081/150‑1 (MQ=255) ggCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCT‑GAGATATCGCCAGgccagcctg < 1:432579/150‑3 (MQ=255) cATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATtg > 1:760939/1‑150 (MQ=255) ttAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATtggtgg < 1:1608101/150‑1 (MQ=255) ttAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATtggtgg > 1:970540/1‑150 (MQ=255) ggCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCATTTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGttt > 2:974081/1‑150 (MQ=255) ggCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGttt > 1:804867/1‑150 (MQ=255) gCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTta > 1:993117/1‑150 (MQ=255) cAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTtata > 2:911712/1‑150 (MQ=255) cAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTtata < 1:1574177/150‑1 (MQ=255) cAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTtata > 1:109136/1‑150 (MQ=255) cAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTtata < 1:108390/150‑1 (MQ=255) aGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTatat < 1:729215/150‑1 (MQ=255) aCTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGtt < 2:557938/150‑1 (MQ=255) atACACTGCGGTTACGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGTTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTTCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTc < 2:1380860/149‑1 (MQ=255) cacTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAg < 2:54899/150‑1 (MQ=255) cacTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAg < 1:1117437/150‑1 (MQ=255) acTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGc < 1:60246/150‑1 (MQ=255) cTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGcc > 1:223351/1‑150 (MQ=255) cTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGcc > 1:903294/1‑150 (MQ=255) cTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGcc > 1:1079031/1‑150 (MQ=255) cTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTACAAGcc > 1:312321/1‑150 (MQ=255) cGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACg < 2:1067515/150‑1 (MQ=255) gTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGAt > 1:97575/1‑150 (MQ=255) gTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGAt > 2:1524357/1‑150 (MQ=255) tATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGt > 1:1158671/1‑150 (MQ=255) tATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGt > 1:351101/1‑150 (MQ=255) gCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTgc > 1:1553681/1‑150 (MQ=255) gCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTgc < 1:804548/150‑1 (MQ=255) gCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTgc > 1:599800/1‑150 (MQ=255) 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aaCCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGATAg < 1:1261808/150‑1 (MQ=255) aaCCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATATTCGCTGTTACATCTGGAAAg > 2:856775/1‑150 (MQ=255) acgaGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAgg < 2:804867/147‑1 (MQ=255) aCCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAgg > 1:113143/1‑150 (MQ=255) cAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGAt < 2:590179/150‑1 (MQ=255) gCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGc > 1:891330/1‑150 (MQ=255) gCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGc < 1:1059683/150‑1 (MQ=255) gCTGGCCT‑GAGATATCGCCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATc > 2:781983/1‑148 (MQ=255) gCTGGCCT‑GAGATATCGCCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATc < 1:781983/148‑1 (MQ=255) gCTGGCCT‑GAGATATCGCCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGc > 1:197447/1‑150 (MQ=255) | GGTACCGTCTGGTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGC > NC_000913/1625157‑1625445 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |