| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 167,293 | G→C | 5.2% | intergenic (+29/‑191) | mrcB → / → fhuA | peptidoglycan glycosyltransferase/peptidoglycan DD‑transpeptidase MrcB/ferrichrome outer membrane transporter/phage receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 167,293 | 0 | G | C | 5.2% | 421.1 / 8.9 | 124 | intergenic (+29/‑191) | mrcB/fhuA | peptidoglycan glycosyltransferase/peptidoglycan DD‑transpeptidase MrcB/ferrichrome outer membrane transporter/phage receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (60/56); new base C (4/2); total (66/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
CAATCCGTTTGATCAGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTCGAATATTATCTTATCTTTATAATAATCAT > NC_000913/167144‑167441 | tCCGTTTGATCAGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTg < 2:138120/150‑1 (MQ=255) gtgtGATCAGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCGCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGCCGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTGTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCa < 1:767443/147‑1 (MQ=255) tttGATCAGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCAt < 1:731541/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |