| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,740,110 | G→A | 6.7% | R67H (CGT→CAT) | ydhC → | putative transporter YdhC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,740,110 | 0 | G | A | 6.7% | 328.0 / 8.5 | 105 | R67H (CGT→CAT) | ydhC | putative transporter YdhC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/46); new base A (3/4); total (54/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
CGGTTTTCTGGCAACCGATATGTATCTGCCTGCTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGTTATCTGGCA > NC_000913/1739961‑1740257 | cGGTTTTCTGGCAACCGATATGTATCTACCTGCTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCg > 2:104394/1‑150 (MQ=255) ttttCTGGCAACCGATATGTATCTGCCTGCTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTa < 2:1244175/150‑1 (MQ=255) cTGGCAACCGATATGTATCTGCCTGCTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGt < 1:399387/150‑1 (MQ=255) 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gcctgcTTTCGCCCCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCAGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTaaa > 2:1522020/1‑149 (MQ=255) cctgcTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATc > 2:889817/1‑150 (MQ=255) cctgcTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCACAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATc > 1:954007/1‑150 (MQ=255) cTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGcc < 2:334501/150‑1 (MQ=255) tCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCACCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGa > 2:706010/1‑150 (MQ=255) 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actgacagCAGACGCAGGCGTTTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAg > 2:186834/8‑150 (MQ=255) ccTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAg < 1:651886/150‑1 (MQ=255) tGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTc > 1:472883/1‑150 (MQ=255) tGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTAACAATTTTTGCGTTAGGTAGTc > 2:1001556/1‑150 (MQ=255) tGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGCTATTATTAATCGGCCTGACAAATTATGCGATAGGTAGTc > 1:72563/1‑150 (MQ=255) 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tgtgGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTgcg < 1:706010/150‑1 (MQ=255) gtgGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACGGGCTGTGGGTGTCTgcgc > 1:398154/1‑150 (MQ=255) ggggggCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGcgccg < 1:947915/150‑1 (MQ=255) gggggCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGGCAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTa < 1:1480384/92‑1 (MQ=255) ggggCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGcgccgc < 1:857247/150‑1 (MQ=255) gggCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCcgcg > 2:326824/1‑150 (MQ=255) ggCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCgcgg > 2:382898/1‑150 (MQ=255) gCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCgcggc < 2:13621/150‑1 (MQ=255) gCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCgcggc > 2:750840/1‑150 (MQ=255) ccGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACa > 1:771262/1‑125 (MQ=255) ccGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACa < 2:771262/125‑1 (MQ=255) cGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGcggcgg < 2:102408/150‑1 (MQ=255) gtttacGACCATAACGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGcgccgc > 1:50817/6‑143 (MQ=255) gtttacGACCATAACGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGcgccgc < 2:50817/138‑1 (MQ=255) gtttacGACCATAACGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGtt > 2:1126360/6‑150 (MQ=255) tttacGACCATAACGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGcggcgg < 2:800253/143‑1 (MQ=255) tttacGACCATAACGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGcggcgg > 1:800253/5‑147 (MQ=255) tctcCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGTTa > 1:1423128/1‑150 (MQ=255) tcCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGTTAta > 2:1543433/1‑149 (MQ=255) aCCGTTATGGTCGTAAAACGGTATTATTAATCGGCCTGACATTTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTAGAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGGTATCTGGc < 2:1053954/150‑1 (MQ=255) ccGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGTTATCTGGCa < 1:690029/150‑1 (MQ=255) | CGGTTTTCTGGCAACCGATATGTATCTGCCTGCTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGTTATCTGGCA > NC_000913/1739961‑1740257 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |