| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,740,114 | T→C | 6.7% | Y68Y (TAT→TAC) ‡ | ydhC → | putative transporter YdhC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,740,114 | 0 | T | C | 6.7% | 317.7 / 9.6 | 105 | Y68Y (TAT→TAC) ‡ | ydhC | putative transporter YdhC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/47); new base C (3/4); total (54/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
CTGGCAACCGATATGTATCTGCCTGCTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGTTATCTGGCAAGCATT > NC_000913/1739968‑1740263 | cTGGCAACCGATATGTATCTGCCTGCTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGt < 1:399387/150‑1 (MQ=255) cAACCGATATGTAGCTGCCTGCTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCATAACGGTCgga < 1:1027523/150‑3 (MQ=255) aaCCGATATGTATCTGCCTGCTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTaa < 1:154737/150‑1 (MQ=255) 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tCTGCCTGCTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTattatt < 2:1547155/150‑1 (MQ=255) tgcctgcTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTaa > 1:1508044/1‑150 (MQ=255) tgcctgcTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTaa > 1:642742/1‑150 (MQ=255) gcctgcTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAAt > 1:1604176/1‑150 (MQ=255) gcctgcTTTCGCCCCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCAGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTaaa > 2:1522020/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) gCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCgcggc > 2:750840/1‑150 (MQ=255) ccGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACa > 1:771262/1‑125 (MQ=255) ccGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACa < 2:771262/125‑1 (MQ=255) cGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGcggcgg < 2:102408/150‑1 (MQ=255) gtttacGACCATAACGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGcgccgc > 1:50817/6‑143 (MQ=255) gtttacGACCATAACGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGcgccgc < 2:50817/138‑1 (MQ=255) gtttacGACCATAACGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGtt > 2:1126360/6‑150 (MQ=255) tttacGACCATAACGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGcggcgg < 2:800253/143‑1 (MQ=255) tttacGACCATAACGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGcggcgg > 1:800253/5‑147 (MQ=255) tctcCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGTTa > 1:1423128/1‑150 (MQ=255) tcCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGTTAta > 2:1543433/1‑149 (MQ=255) aCCGTTATGGTCGTAAAACGGTATTATTAATCGGCCTGACATTTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTAGAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGGTATCTGGc < 2:1053954/150‑1 (MQ=255) ccGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGTTATCTGGCa < 1:690029/150‑1 (MQ=255) ttATAGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGTTATCTGGCAAGc < 1:915174/150‑1 (MQ=255) tGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGTTATCTGGCAAGCAtt > 1:1256450/1‑150 (MQ=255) | CTGGCAACCGATATGTATCTGCCTGCTTTCGCCGCCATACAGGCCGACCTGCAAACGCCTGCGTCTGCTGTCAGTGCCAGCCTTAGTCTGTTCCTTGCCGGTTTTGCCGCAGCCCAGCTTCTGTGGGGGCCGCTCTCCGACCGTTATGGTCGTAAACCGGTATTATTAATCGGCCTGACAATTTTTGCGTTAGGTAGTCTGGGGATGCTGTGGGTAGAAAACGCCGCTACGCTGCTGGTATTGCGTTTTGTACAGGCTGTGGGTGTCTGCGCCGCGGCGGTTATCTGGCAAGCATT > NC_000913/1739968‑1740263 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |