| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,637,646 | +T | coding (5/1500 nt) | pitA → | metal phosphate:H(+) symporter PitA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,637,645 | 1 | . | T | 97.9% | 689.7 / 6.2 | 189 | coding (4/1500 nt) | pitA | metal phosphate:H(+) symporter PitA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base T (82/103); total (84/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
GGCAAATCAAAAAAAGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑C‑TACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGTTCTACGAAGCCATCAATGGTTTCCA > NC_000913/3637547‑3637739 | ggCAAATCAAAAAAAGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑C‑t > 1:2995585/1‑100 (MQ=255) cAAATCAAAAAAAGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑C‑tta > 1:2205912/1‑98 (MQ=255) aaaTCAAAAAAAGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑C‑ttac > 1:754103/1‑97 (MQ=255) aTCAAAAAAAGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑C‑ttacat > 1:2821443/1‑95 (MQ=255) tCAAAAAAAGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACAtt < 1:1100248/100‑1 (MQ=255) cAAAAAAAGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACAttt < 1:1256931/100‑1 (MQ=255) aaaaaaaGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACAtttg < 1:2079877/100‑1 (MQ=255) aaaGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑C‑tt < 2:2512307/89‑2 (MQ=255) aaGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGc < 1:1219543/100‑1 (MQ=255) aGTCTATATTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCt > 1:580292/1‑100 (MQ=255) tataTTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGcc < 1:3410769/100‑1 (MQ=255) atatTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGCTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACAtttg < 2:1196438/89‑1 (MQ=39) tatTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTg < 1:1617521/100‑1 (MQ=255) atTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCGCTGATAATGCGCCGAATGGATGTCTTCAAAATGGCGTAACGTCCTATGAT‑TACAtttgtt < 2:1261399/89‑1 (MQ=25) atTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACAtttgtt < 2:3760158/89‑1 (MQ=255) atTTCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTgg > 1:900218/1‑100 (MQ=255) tttCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGa > 1:394695/1‑100 (MQ=255) ttCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACAtttgtttg > 2:1502499/1‑89 (MQ=255) tCACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGAtt < 1:2256812/100‑1 (MQ=255) cACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCt < 2:754103/89‑1 (MQ=255) cACTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCt > 2:341766/1‑89 (MQ=255) aCTTTGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTg < 1:2550959/100‑1 (MQ=255) tttGCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGc < 2:180106/89‑1 (MQ=255) gCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTg < 2:453937/89‑1 (MQ=255) gCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTg < 2:2897220/89‑1 (MQ=255) gCCCGCGCCGCGAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATAc > 1:1735408/1‑100 (MQ=255) cgcgccgcgAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCgg > 1:150897/1‑100 (MQ=255) cgccgcgAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGc < 1:3008767/100‑1 (MQ=255) cgccgcgAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGc < 1:3160568/100‑1 (MQ=255) cgcgAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCa < 2:2634961/89‑1 (MQ=255) gcgAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCAt > 2:2577341/1‑89 (MQ=255) cgAAAGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATa > 2:4450382/1‑89 (MQ=255) aaaGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATAcc > 2:3084683/1‑89 (MQ=255) aGTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCgg < 2:4596457/89‑1 (MQ=255) gTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTattatt < 1:4539633/100‑1 (MQ=255) gTCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑C‑TACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGc < 2:4318692/89‑1 (MQ=255) tCACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGc < 2:3214063/89‑1 (MQ=255) cACTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTAttgc > 1:3910609/1‑100 (MQ=255) aCTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTAttgct < 1:2649957/100‑1 (MQ=255) aCTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTAttgct < 1:2773913/100‑1 (MQ=255) cTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGt > 2:4523037/1‑89 (MQ=255) cTGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTAttgctt < 1:1387755/100‑1 (MQ=255) tGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGtt < 2:1652812/89‑1 (MQ=255) tGATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTAttgcttg < 1:3035850/100‑1 (MQ=255) gATAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGtta > 2:3008523/1‑89 (MQ=255) aTAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGttat < 2:686673/89‑1 (MQ=255) aTAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGttat < 2:346583/89‑1 (MQ=255) aTAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCa < 1:4303773/100‑1 (MQ=255) tAATGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCAc < 1:861492/100‑1 (MQ=255) aaTGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGttatta > 2:283955/1‑89 (MQ=255) aTGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTg > 1:1409647/1‑100 (MQ=255) tGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTattatt < 2:3677647/89‑1 (MQ=255) tGCGCCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTgg > 1:4866186/1‑100 (MQ=255) gcgcCGCGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTAttg < 2:2771176/89‑1 (MQ=255) gcgcCGCGTTAATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGc > 1:2333348/1‑100 (MQ=255) cgccgcGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCt < 1:3201158/100‑1 (MQ=255) gccgcGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTAttgct < 2:3137817/89‑1 (MQ=255) ccgcGTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTATTTCTTGCACTGGCttt > 1:2032742/1‑100 (MQ=255) gcgTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTAttgcttgc < 2:829156/89‑1 (MQ=255) gcgTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTtg < 1:4264082/100‑1 (MQ=255) gcgTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTtg < 1:957892/100‑1 (MQ=255) gcgTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTtg < 1:3598004/100‑1 (MQ=255) cgTTCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCa < 2:2259299/89‑1 (MQ=255) ttCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGc > 1:2395694/1‑100 (MQ=255) tCATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTg > 2:202074/1‑89 (MQ=255) cATGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTgg > 2:982666/1‑89 (MQ=255) aTGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGc < 2:1031370/89‑1 (MQ=255) tGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCt < 2:4704243/89‑1 (MQ=255) tGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGtt > 1:1582659/1‑100 (MQ=255) tGTCCTCAAAATGGCGTAACGTCCTATG‑CTTACATTTGTTTGCTGGCCTGGATTTGCATACCGGGCTGTTATTATTGCTTGCACTGGCTTTTGTGCTGtt > 1:888594/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |