| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 570695 = | 8126 (40.870) | 156 (0.850) | 35/172 | 10.9 | 2.1% | intergenic (+267/‑198) | ybcK/ybcL | DLP12 prophage; putative recombinase/DLP12 prophage; periplasmic protein YbcL |
| ? | NC_000913 | 570719 = | 7181 (39.050) | intergenic (+291/‑174) | ybcK/ybcL | DLP12 prophage; putative recombinase/DLP12 prophage; periplasmic protein YbcL | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1404 total aligned reads displayed.
CAATTGTACCCCCAACCCAATTATTTGCCACAATATACACAAAGCACATTGATACTATCTAAAAACTCTGCTTTATTATTAGTAACACCTACGAAAGTCGGTGTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/570800‑570695‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggtgttaCTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGGGGTACAATTGTGATTGCTTTTGCATGA > NC_000913/570719‑570817 CAATTGTACCCCCAACCCAATTATTTGCCACAATATACACAAAGCACATTGATACTATCTAAAAACTCTGCTTTATTATTAGTAACACCTACGAAAGTCG < 1:4346974/100‑1CAATTGTACCCCCAACCCAATTATTTGCCACAATATACACAAAGCACATTGATACTATCTAAAAACTCTGCTTTATTATTAGTAACACCTACGAAAGTCG > 1:1572225/1‑100 AATTGTACCCCCAACCCAATTATTTGCCACAATATACACAAAGCACATTGATACTATCTAAAAACTCTGCTTTATTATTAGTAACACCTACGAAAGTCGn < 1:4802328/100‑2 AATTGTACCCCCAACCCAATTATTTGCCACAATATACACAAAGCACATTGATACTATCTAAAAACTCTGCTTTATTATTAGTAACACCTACGAAAGTCGG < 1:4999781/100‑1 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CCCAATTATTTGCCACAATATACACAAAGCACATTGATACTATCTAAAAACTCTGCTTTATTATAAGTAACACCTACGAAAGTCGGTGT > 2:1241092/1‑89 CCCAATTATTTGCCACAATATACACAAAGCACATTGATACTATCTAAAAACTCTACTTTATTATTAGTAACACCTACGAAAGTCGGTGT > 2:3401626/1‑89 CCAATTATTTGCCACAATATACACAAAGCACATTGATACTATCTAAAAACTCTGCTTTATTATTAGTAACACCTACGAAAGTCGGTGTT > 2:930306/1‑89 CCAATTATTTGCCACAATATACACAAAGCACATTGATACTATCTAAAAACTCTGCTTTATTATTAGTAACACCTAAGAAAGTCGGTGTT < 2:3820745/89‑1 CAATTATTTGCCACAATATACACAAAGCACATTGATACTATCTAAAAACTCTGCTTTATTATTAGTAACACCTACGAAAGTCGGTGTTA > 2:617163/1‑89 CTCTGCTTTATTATTAGTAACACCTACGAAAGTCGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATTAATGTGCTTTGTGTAT > 2:3333908/1‑89 CTTTATTATTAGTAACACCTACGAAAGTCGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATT > 1:3187498/1‑100 CTTTATTATTAGTAACACCTACGAAAGTCGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATT > 1:2065475/1‑100 ATTATTAGTAACACCTACGAAAGTCGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGT > 1:1986324/1‑100 ATTAGTAACACCTACGAAAGTCGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAAT > 2:1153463/1‑89 TTAGTAACACCTACGAAAGTCGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGG > 1:619406/1‑100 TTAGTAACACCTACGAAAGTCGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATA > 2:493631/1‑89 TAGTAACACCTACGAAAGTCGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGGG < 1:1899991/100‑1 AGTAACACCTACGAAAGTCGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGGGG > 1:1783303/1‑100 AGTAACACCTACGAAAGTCGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGGGG > 1:2205515/1‑100 AGTAACACCTACGAAAGTCGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAAT > 2:4645292/1‑89 AGTAACACCTACGAAAGTCGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAAT > 2:2728337/1‑89 AGTAACACCTACGAAAGTCGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAAT > 2:4106183/1‑89 AACACCCACGAAAGTCGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGG > 2:1739026/1‑89 GGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATTAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGGGGTACAATTGTGATTGCTTTT > 1:5058367/1‑100 GGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGGGGTACAATTGTGATTGCTTTT > 1:1053079/1‑100 GGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGGGGTACAATTGTGATTGCTTTT < 1:1660651/100‑1 GGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGGGGTACAATTGTGATTGCTTTT > 1:2937183/1‑100 GGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGGGGTACAATTGTGATTGCTTTT > 1:4115067/1‑100 GGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGGGGTACAATTGTGATTGCTTTT > 1:126907/1‑100 GGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGGGGTACAATTG < 2:1449395/89‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |