| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,158,785 | C→T | 100% | P99L (CCC→CTC) | oxyR → | DNA‑binding transcriptional dual regulator OxyR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,158,785 | 0 | C | T | 100.0% | 110.3 / ‑6.7 | 44 | P99L (CCC→CTC) | oxyR | DNA‑binding transcriptional dual regulator OxyR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); major base T (25/14); minor base G (0/3); total (26/18) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGC > NC_000913/4158646‑4158918 | cGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTcac > 2:572955/1‑143 (MQ=255) aaaGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGACCGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGCCCGCGGCACATTGGCTTGATTCTCACGGt > 1:347693/1‑143 (MQ=255) aaGTGTGGTTCACCCAGGCGGGAGCGCCCCTTGTGGATCAGGCGCGGTCCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGtt < 1:326109/143‑1 (MQ=255) ttgttCACCGAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGAcc < 2:699919/143‑1 (MQ=255) 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2:655681/141‑1 (MQ=255) tCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACCGTTGGACCGTAc > 1:334630/1‑143 (MQ=255) ccAGGCGGGGATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTTCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGc < 2:539471/143‑1 (MQ=255) gggCGGGAATGCTGCCGGTGGATCAGGCGCGTGCCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTa < 2:267622/142‑1 (MQ=255) aGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTa > 1:423889/1‑143 (MQ=255) gggAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGCGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGAGTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCGACCGc > 2:461368/1‑143 (MQ=255) 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1:53051/1‑143 (MQ=255) ggtggATCGTGCGCGTACCGTGCTCGGTGAGGTGAAAGTCCGTACAGAGATCGCAAGCCAGCAGGGCGCGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGCTTTGATTCTCACAGTTGGAACGTACCTGCTACCTCATATTATCCCTa < 2:608397/143‑1 (MQ=255) gtggATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTAt > 2:792804/1‑143 (MQ=255) gtggATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATAGTATCCCTAt > 1:211398/1‑143 (MQ=255) ggAGCAGGCGCGTGCCGGGCTGCGGGGGGTGAAAGTCCTTAGAGAGCTGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTAtgc < 2:164884/143‑1 (MQ=255) gATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTAtgct > 1:881586/1‑143 (MQ=255) gATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTAtgct > 1:133282/1‑143 (MQ=255) gcgcGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGAGGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGCACCTGCTACCGCATAGTATCCCTATGCTGCAcaa > 2:515712/1‑141 (MQ=255) cGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACACTGGTTTGTTTCTCACAGTTGGCCCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGCCCtctc > 2:819668/1‑143 (MQ=255) gTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTcc < 1:424346/143‑1 (MQ=255) aGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGaa > 1:338136/1‑143 (MQ=255) aGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCCTATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAACGCTGGAAATGTagc > 1:199060/1‑141 (MQ=255) cTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTATGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCACACCTTTCCAAAGCGGGAAATGTCTCTGCa > 2:486224/1‑143 (MQ=255) agagATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTACCAAAGCTGGGAGCGTATCTGCATGAAg > 2:448076/1‑143 (MQ=255) gCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCGTGAAGCACGGAc > 1:475181/1‑143 (MQ=255) gCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACAGTGGTTTGATTCTCACAGTTGGAACGTACCTGCTACCGCAGATTATCCCTATGCTGCACGAGACCTTTACAACGCTGGAAGGGTATCTGCGTGAAGCACAGAc > 2:252139/1‑143 (MQ=255) aaGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACAGCATATTATCCCTATGCTGCACCTGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGAccc > 1:164140/1‑143 (MQ=255) gCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTg < 2:206966/143‑1 (MQ=255) gctgcGATCTCGGCACCGCTGCTCTTTGGTTTGATTCTCACCGTTGGACCGTCCCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGgc < 2:682292/139‑1 (MQ=255) gagaCGCTGTCCGGCCCGCTGCACATTGGTTTGTTTCTCACAGATGGATCGGACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGgc < 1:448568/143‑1 (MQ=255) tacGGCCCGCCGCACATTGGGTTGACTCGCACCGGTGGACCGTGCCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGa < 2:587088/141‑1 (MQ=255) tGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAACCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCCACTGGCCCGCGGCaac > 2:360168/1‑142 (MQ=255) tGGTTTGATTCGCACAGTGTGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGAtt < 2:334630/143‑1 (MQ=255) gTTTGATTCGCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGc < 1:572955/143‑1 (MQ=255) | CGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGC > NC_000913/4158646‑4158918 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |