| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 570695 = | 1469 (40.990) | 24 (0.700) | 16/268 | 1.1 | 1.7% | intergenic (+267/‑198) | ybcK/ybcL | DLP12 prophage; putative recombinase/DLP12 prophage; periplasmic protein YbcL |
| ? | NC_000913 | 570719 = | 1310 (38.460) | intergenic (+291/‑174) | ybcK/ybcL | DLP12 prophage; putative recombinase/DLP12 prophage; periplasmic protein YbcL | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1960 total aligned reads displayed.
TTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTG‑TTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGGGGTACAATTGTGATTGCTTTTGCATGAACATTGCGCCTTTATGCATA > NC_000913/570553‑570837 | tatttgatattcctttatctcattatgcataaaggcgcaatgttcatgcaaaagcaatcacaattgtacccccaacccaattatttgccacaatatacacaaagcacattgatactatctaaaaactctgctttattattagt > 1:310139‑M1/143‑143 (MQ=255) tatttgatattcctttatctcattatgcataaaggcgcaatgttcatgcaaaagcaatcacaattgtacccccaacccaattatttgccacaatatacacaaagcacattgatactatctaaaaactctgctttattattagt > 1:418461‑M1/143‑143 (MQ=255) tttgatattcctttatctcattatgcataaaggcgcaatgttcatgcaaaagcaatcacaattgtacccccaacccaattatttgccacaatatacacaaagcacattgatactatctaaaaactctgctttcttattagTaa < 2:621574‑M1/3‑1 (MQ=255) gggTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGCCTGGTAGGTTAAAAAATAac > 2:308210/1‑143 (MQ=255) gggTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAac > 1:582263/1‑143 (MQ=255) gggTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACACTTGGTCGCAGATCCAAATACTGAAAATACGTGACACATTATTATG‑AGCAAAATGGTATATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGCTAAAAACTAac > 2:455623/1‑143 (MQ=255) ttgatattcctttatctcattatgcataaaggcgcaatgttcatgcaaaagcaatcacaattgtacccccaacccaattatttgccacaatatacacaaagcacattgatactatctaaaaactctgccacaatattagTAac < 2:528612‑M1/4‑1 (MQ=255) tgggagaTGAGATATACAATCTTAATTATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAATATACGTGACATATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACAcc < 2:599707/137‑1 (MQ=255) tagtaAATGAGCTTTACAATCTTAATCATTGGGTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACAcc < 2:609583/143‑1 (MQ=255) tagtaAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACAcc < 2:234895/143‑1 (MQ=255) tagtaAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGAATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACAcc < 1:143255/143‑1 (MQ=255) atattcctttatctcattatgcataaaggcgcaatgttcatgcaaaagcaatcacaattgtacccccaacccaattatttgccacaatatacacaaagcacattgatactatctaaaatctctgcttttttattagTAACAcc < 1:129062‑M1/7‑1 (MQ=255) agtaAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCg > 1:452057/1‑143 (MQ=255) gCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAGATACTGAAAATACGGGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTa < 2:43127/143‑1 (MQ=255) gCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTa > 1:430543/1‑143 (MQ=255) cTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAg < 1:406903/143‑1 (MQ=255) ataCAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGgt > 1:7997/1‑143 (MQ=255) ataCAATCGTAATGATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGAAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGgt < 1:609514/143‑1 (MQ=255) tcattatgcataaaggcgcaatgttcatgcaaaagcaatcacaattgtacccccaacccaattatttgccacaatatacacaaagcacattgatactatctaaaaactctgctttattattagTAacac > 2:363642‑M1/124‑129 (MQ=255) taCAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGgtg > 2:332719/1‑143 (MQ=255) aCAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGgtg‑t < 1:645326/143‑1 (MQ=255) aCAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAAATCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGgtg‑t > 1:519769/1‑143 (MQ=255) attatgcataaaggcgcaatgttcatgcaaaagcaatcacaattgtacccccaacccaattatttgccacaatatacacaaagcacattgatactatctaaaaactctgctttattattagTAACACCGACTTTCGTAGgtg‑t > 1:482971‑M1/122‑143 (MQ=255) ttatgcataacggcgtaatgttcatgcaaaagcaatcacaattgtacccccaacccgattatttgccacaatatacacacagcacattgatactatctaaaaactctgctttattattagTAACACCGCCTTTCGTAGGTG‑tt > 2:221516‑M1/121‑143 (MQ=255) ttCTTAATCATTTGTTAGTTGTGAACTCTGTGTCGCTGATTCAAATACTGAAACTACGTGACGAATTATTATG‑AGCAAATTGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTG‑TTAc < 2:169898/142‑1 (MQ=255) tCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTG‑TTACt > 2:581813/1‑143 (MQ=255) tCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTG‑TTACt > 1:598157/1‑143 (MQ=255) tAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTG‑TTACtaat < 1:532051/143‑1 (MQ=255) aTCATTTGTTAGGTGATAACTCTTGGTCTCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTG‑TTACtaataa < 2:589017/143‑1 (MQ=255) tCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTG‑TTACtaataat > 1:33012/1‑143 (MQ=255) 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gcgcaatgttcatgcaaaagcaatcacaattgtacccccaacctaattatttgccacaatatacacaaagcacattgatactatctaaaaactctgctttattattagTAACACCGACTTTCGTAGGTG‑TTACTAATAATaaa > 2:65255‑M1/109‑143 (MQ=255) gTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTG‑TTACTACTAATAAAGCACAGtt > 2:89314/1‑143 (MQ=255) gTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGATG‑TTACTAATAATAAAGCAGAGtt > 1:214444/1‑143 (MQ=255) tGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTG‑TTACTAATAATAAAGCAGAGttt > 1:573325/1‑143 (MQ=255) ctTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACACATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTG‑TTACTAATAATAAAGCAGAGATATTAGATAg > 2:56672/1‑143 (MQ=255) 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> 2:197848/1‑143 (MQ=255) tgtATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTG‑TTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTATTGCAAATAATTGGGTTGGGGGTACAATtgtg > 1:22428/1‑143 (MQ=255) gtATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTG‑TTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTCTATTGTGGCAAATAATTGGCTTGGGGGTACAATTGTGa > 1:29828/1‑143 (MQ=255) tATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTG‑TTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGGGGTACAATGGTGAt > 1:118655/1‑143 (MQ=255) gtcacgtattttGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTG‑TTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAAGTGGGTTGGGGGTACAATTGTGATTGc > 1:10972‑M2/13‑143 (MQ=255) cccgtattttGAACGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTG‑TTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGGGGTACAATTGTGATTGCtt < 1:1740‑M2/133‑1 (MQ=255) 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1:55082/141‑1 (MQ=255) aaTAACACCGACTTTCGTAGGTG‑TTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGGGGTACAATTGTGATTGCTTTTGCATGAACATTGCGCCTTTATGCa > 1:256682/1‑143 (MQ=255) aTAACGCCGACTTTCGTAGGTG‑TTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGGGGTACAATTGTGATTGCTTTTGCATGAACATTGCGCCTTTATGCAt < 2:494138/143‑1 (MQ=255) TAACACCGACTTTCGTAGGTG‑TTACTAATAAGAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGGGGTACAATTGTGATTGCTTTTGCATGAACATTGCGCCTTTATGCATa > 2:350104‑M1/1‑143 (MQ=255) | TTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATG‑AGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTG‑TTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATTGTGGCAAATAATTGGGTTGGGGGTACAATTGTGATTGCTTTTGCATGAACATTGCGCCTTTATGCATA > NC_000913/570553‑570837 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |