Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,158,785 | C→T | P99L (CCC→CTC) | oxyR → | DNA‑binding transcriptional dual regulator OxyR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,158,785 | 0 | C | T | 96.8% | 81.4 / NA | 31 | P99L (CCC→CTC) | oxyR | DNA‑binding transcriptional dual regulator OxyR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (16/14); minor base G (0/1); total (16/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATC > NC_000913/4158647‑4158924 | gTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGAGCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACTACGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTcaca < 1:341489/143‑1 (MQ=255) aGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGCGATGGCAAGCCCGCAGGGCGAGAGGATGTCCGGACCGCTGCACATTGCTTTGATTCTCGCACTTg > 2:498509/1‑143 (MQ=255) ttgttCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGAcc > 1:573972/1‑143 (MQ=255) gttCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGGGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCGGGGCGAGACGATGGCCGGACCGCTGCACACTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGt > 2:13915/1‑143 (MQ=255) gttCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGGGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTGAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGCTTGTCACAGGTGGAGCGt > 2:400885/1‑143 (MQ=255) tCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTAc > 1:381568/1‑143 (MQ=255) cAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGGCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTCTGATGCTCACAGTTGGACCGTACCTGcg > 2:521199/1‑142 (MQ=255) aGGCGGGAATGCGGCTGGGGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTGAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTa < 1:231479/143‑1 (MQ=255) ggAATGCTGCTCGTGGCTCATCCTCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCa < 1:620267/143‑1 (MQ=255) tgctgGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATc < 1:635819/143‑1 (MQ=255) gtggATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTAt > 1:68747/1‑143 (MQ=255) gtgcgTACCGTGCTCCGAGAGCTGAAAGTCCTTTATGATATGGCAAGCTAGCAGCTCGAGACGATGTCCGGATCGCTGCACATTGTTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACTTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCa < 2:13683/141‑1 (MQ=255) gcgcGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCa > 1:131905/1‑143 (MQ=255) tACCGTGCTGCGTGCGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGGCGATGTCCGGACCGCTCCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCt < 1:212323/143‑1 (MQ=255) ccGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCatt < 2:204921/143‑1 (MQ=255) 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2:443748/1‑143 (MQ=255) tAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGTGACGATGTGCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGACACGTATCTGCATg < 2:616003/143‑1 (MQ=255) aaaGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTACACAGTGGTTTGATTCTCACAGCTGGGCCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTACAACGCTGGAAGAGTATCTGCATGa > 1:518680/1‑143 (MQ=255) aaGAGACGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGaa < 1:213809/143‑1 (MQ=255) agagATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAg > 1:616640/1‑143 (MQ=255) gaTGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGAAAATGTATCTGCATGACGctc > 1:330251/1‑141 (MQ=255) gCCAGCAGGGCGAGGCGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATGCGCACAGTTGGACCGTACCTGCGACCGCCTATTATCCCCATGCTGCACCAGAGCTTTCCAAAGCTGGAAATGGATCTGCATGAAGCACAGACccac < 2:9962/143‑1 (MQ=255) gATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAACTGTATCTGCATGAAGCCCAGCCCCCCCCGTTCCTGGCGCCAc > 1:252036/1‑143 (MQ=255) tGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTg < 2:147491/143‑1 (MQ=255) tGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTg < 1:330109/143‑1 (MQ=255) ttCTCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATc < 1:143970/143‑1 (MQ=255) | GTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATC > NC_000913/4158647‑4158924 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |