| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913 | 570627 = | 1763 (37.740) | 7 (0.170) | 4/238 | NT | 0.42% | intergenic (+199/‑266) | ybcK/ybcL | DLP12 prophage; putative recombinase/DLP12 prophage; periplasmic protein YbcL |
| ? | NC_000913 | 570677 = | 1706 (40.540) | intergenic (+249/‑216) | ybcK/ybcL | DLP12 prophage; putative recombinase/DLP12 prophage; periplasmic protein YbcL | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 2939 total aligned reads displayed.
TTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATT > NC_000913/570485‑570769 | ttcatgcaaaagcaatcacaattgtacccccaacccaattatttgccacaatatacacaaagcacattgatactatctaagaactctgctttattgttagtaacgcctacgaaagtcggtgttattttttaacctaacattca < 1:100349‑M1/1‑1 (MQ=255)ttcatgcaaaagcaatcacaattgtacccccaacccaattatttgccacaatatacacaaagcacattgatactatctaaaaactctgctttattattagtaacacctacgaaagtcggagttattttttaacctaccattca < 2:895591‑M1/1‑1 (MQ=255) tATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAA < 1:726438‑M1/143‑1 (MQ=255) cctTGGACGAAACTTAATCGGTAATTACTTTGTTTGCGCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAA < 1:569342‑M1/142‑1 (MQ=255) atgcaaaagcaatcacaattgtacccccaacccaattatttgccacaatatacacaaagcacattgatactctctaaaaactctgctttattattagtaacacctacgaaagtcggtgttattttttaacctaccattcaaaa > 1:329677‑M1/140‑143 (MQ=255) atgcaaaagcaatcacaattgtacccccaacccaattatttgccacaatatacacaaagcacattgatactatctaaaaactctgctttattattagtaacacctacgaaagtcggtgttattttttaacctaccattcaaaa < 1:238028‑M1/4‑1 (MQ=255) atgcaaaagcaatcacaattgtacccccaaccaaattatttgccacaatatacacaaagcacattgatactatctaaaaactctgctttattattagtaacacctacgaaagtcggtgttattttttaacctaccattcaaaa < 1:358077‑M1/4‑1 (MQ=255) tttGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGCGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCGTTTGTTAGGTGGGACATCTTGGTCGCAGATTCATGTACTTAAAATA > 1:167272‑M1/1‑143 (MQ=255) tttGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCATATACTGAAAATA > 2:41865‑M1/1‑143 (MQ=255) tttGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATA < 1:511829‑M1/143‑1 (MQ=255) gcaaaagcaatcacaattgtacccccaacccaattatttgccacaatatacacaaagcacattgatactatctaaaaactctgctttattattagtaacacctacgaaagtcggtgttattttttaacctaccattcAAAATa < 2:166798‑M1/6‑1 (MQ=255) caatagcaatcacaattgtacccccaacccaatgacatgccacaatatacacaaagcacattgatactatctaaaaactctgctttattattagtaacacctacgaaagtcggtgttattttttaacctaccattcAAAATAc > 1:58264‑M1/137‑143 (MQ=255) gatgaatCTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGT < 2:264950‑M1/140‑1 (MQ=255) aaatcaatcacaattgtatccccaacccaattatttgccacaatatacacacatcacattgatactatctaagaactctgctttattctgagtaacacctacgaaagtcggtgtcattttttaacctaccattcAAAATACGt > 2:720337‑M1/135‑143 (MQ=255) aaagcaatcacaattgtacccccaacccaattatttgccacaatatacacaaagcacattgatactatctaaaaactctgctttattattagtaacacctacgaaagtcggtgttattttttaacctaccattcAAAATACGt > 2:150859‑M1/135‑143 (MQ=255) aaCTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAAGTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAGATACGCGACaa > 2:48097/1‑143 (MQ=255) aCTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGGGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTATTCATTTGTTAGGTGAGAACTCTGGGTCGCGGATTCAAATACTTAAACTACGTGACgag > 1:191536‑M1/1‑140 (MQ=255) aCTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACaaa < 1:154234/143‑1 (MQ=255) tAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAatta < 1:377866/143‑1 (MQ=255) tGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAAttatta < 1:92049/143‑1 (MQ=255) ggTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATg > 1:294042/1‑143 (MQ=255) gTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGAGTGTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGa < 2:21429/143‑1 (MQ=255) gTAATTACTTTGTGTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGa < 2:352605/143‑1 (MQ=255) tAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAg > 1:448197/1‑143 (MQ=255) aaTTACTTTGTTTGCCCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGATCGCAGATTCAAATACTGGACATACGTTACAAAGTATTCTTAGc > 2:569154/1‑143 (MQ=255) 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cGATTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTAtgtcacgtatttt > 1:821188‑M2/1‑130 (MQ=255) cGAGTTTTGTACTGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTAtgtcacgtatttt > 1:274471‑M2/1‑130 (MQ=255) gAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTg > 1:807055/1‑143 (MQ=255) attttGTACGGCTGTATTAGGGTAGTAAATGCGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCCTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGaa < 1:901016/142‑1 (MQ=255) tttGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGATCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATg > 1:887771/1‑143 (MQ=255) ttGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAATTGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATgg < 1:711172/143‑1 (MQ=255) ttGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAACCGTCAACGATCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATgg > 2:402639/1‑143 (MQ=255) ttGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAACGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGCTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATAATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGGATTTTGACTgg > 2:875805/1‑143 (MQ=255) tGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGt < 1:597289/143‑1 (MQ=255) gTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTa < 2:331896/143‑1 (MQ=255) aCGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTGAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATAGTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAgg < 1:178572/143‑1 (MQ=255) 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tctTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATa < 1:225707/143‑1 (MQ=255) tctTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTAAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATa > 1:482328/1‑143 (MQ=255) ttGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGt > 2:468858/1‑143 (MQ=255) tggtggTAGAATCAAATACGGAAAATACGTGACAAATTATGATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTa < 2:618004/143‑1 (MQ=255) gTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATc < 1:753951/143‑1 (MQ=255) aTTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGGGc > 2:244829/1‑143 (MQ=255) tCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCtt < 2:513792/143‑1 (MQ=255) aaaTACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTtg > 1:741177/1‑143 (MQ=255) tACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTgtgt < 2:131731/143‑1 (MQ=255) aCTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTGGGTTGAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGta > 2:367430/1‑143 (MQ=255) aCTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGta > 2:448251/1‑143 (MQ=255) cagAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTAAGTCACGTATATTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGtat < 2:297902/141‑1 (MQ=255) tGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGtata > 1:838813/1‑143 (MQ=255) tGAAAATACGTGACAAATTACTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTAATAATAACAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCACTGTGCTTTGTGtata > 2:316694/1‑143 (MQ=255) AAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATAtt > 1:615170‑M1/1‑143 (MQ=255) | TTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTATACAATCTTAATCATTTGTTAGGTGAGAACTCTTGGTCGCAGATTCAAATACTGAAAATACGTGACAAATTATTATGAGCAAAATGGTGTATGTCACGTATTTTGAATGGTAGGTTAAAAAATAACACCGACTTTCGTAGGTGTTACTAATAATAAAGCAGAGTTTTTAGATAGTATCAATGTGCTTTGTGTATATT > NC_000913/570485‑570769 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |