| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,276,891 | T→G | 8.2% | intergenic (+38/‑111) | garD → / → prlF | galactarate dehydratase/antitoxin PrlF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,276,891 | 0 | T | G | 8.2% | 140.2 / 3.3 | 63 | intergenic (+38/‑111) | garD/prlF | galactarate dehydratase/antitoxin PrlF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/33); new base G (2/4); total (26/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.34e-01 | |||||||||||
TCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCACGCTGTACT > NC_000913/3276750‑3277033 | ccggtcctATTCGCGACGTCCGCAGCGGGACGAAGACACCCTTCTCGGATCAAGGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTg < 2:334685/136‑1 (MQ=255) tttATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACGGGTGACACGATTTCTATTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTCAGCGCCATg > 2:149280/1‑143 (MQ=255) aTTCTCCACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAATCCTTCTCGGATCAATGGGTGCTGCATAACCAGCTTGTAGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CCTAAGGCCATGttt < 1:468309/143‑1 (MQ=255) tgctcGGCGTCGCCAGCGGGAAGGTGAAGACCTGCTCGGATCAATGGGGGGTGCATAACCAGCTGGCGGTGTGTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑ACTAAGGCCATGtttt < 2:242361/141‑1 (MQ=255) gcctcGACGACGCCGGGGGGAAGAAGAAAACCTTCGCGGCTCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑ACTAAGGCCATGtttt < 2:96417/141‑1 (MQ=255) tctcGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGAACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGttttt > 1:461114/1‑143 (MQ=255) ctcGACGTCGCCAGCGGGAAGCAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTa < 1:532333/143‑1 (MQ=255) gtgcggcGCCCGCGGGCAGTACAACACCTGCTCGGATCCATGGGCGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTAtt < 2:534334/137‑1 (MQ=255) cGCCAGCGGGAAGACTACACCCTTCTCGCATCACGGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTCAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTaa < 2:551867/143‑1 (MQ=255) gCCAGCGGGAAGAAGAAGACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTaaa < 2:490183/143‑1 (MQ=255) ccAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTTGAACGTCGCTCGCAAAACATGGC‑GTTAGTGCGCGGTTTTTATTGTATAAAg > 1:193477/1‑143 (MQ=255) gaaAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCAt < 1:10957/143‑1 (MQ=255) ttCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTaat‑aat > 1:881846/1‑143 (MQ=255) gATCAATGGGGCCTCCATAACCAGCTGGCGGTCTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AAtgcattt < 2:526274/143‑1 (MQ=255) cAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AAtgcatttgca < 1:597618/143‑1 (MQ=255) aTGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AAtgcatttgcatt > 1:890591/1‑143 (MQ=255) gggggCTGCCTACCCAGCCGGCGGTGTGCGCCCCGGCGCCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTAc < 1:710668/143‑1 (MQ=255) ggggCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTAcc > 1:885141/1‑143 (MQ=255) ggggCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTAcc > 2:805499/1‑143 (MQ=255) cTGCATAGCCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACAGGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAg < 1:13503/143‑1 (MQ=255) 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cAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGAATTCGATTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCAAGTTTTTATTGTGTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCGTTACATTAGTGCATGCtt > 2:232956/1‑143 (MQ=255) aGCTGGCGGTGTTTAGCCCGGGACCGGTGACCGTATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAACCATGGC‑CTTCGTGCCATGTTTTTATTGTTTACAGCCCCCCCGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAGGCTta < 2:608882/143‑1 (MQ=255) cGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑CATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAAttt < 1:593002/143‑1 (MQ=255) ggTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCGCGCTTATCCTTTg > 1:229707/1‑143 (MQ=255) ggTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGATTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGATCAAGCTTATAAttta > 2:895534/1‑142 (MQ=255) tgtTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAg < 1:670152/143‑1 (MQ=255) gtTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGc < 1:11220/143‑1 (MQ=255) tttAACCCGGCACTGGTGACCTGATTTCTTTTGGAGCGTCCCTCGCAAAACAGGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGTCCCCACGTCCATTAAT‑AAGGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCa < 2:351421/143‑1 (MQ=255) tttAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCa > 1:370474/1‑143 (MQ=255) tAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGa < 2:658787/143‑1 (MQ=255) cccGGCCCCGGTGCCCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACCTGGG‑CTTAGGGCCATGTTTTTATTGTTTCAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGaaaa < 2:226986/143‑1 (MQ=255) cccGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTGAGTGCCATGTTTGTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑ACTGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGCGCAGaaaa > 2:552027/1‑143 (MQ=255) ccGGCACCGGTGACCTGATCTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAAc < 1:775551/143‑1 (MQ=255) cACCGGTGACCTGATTTCTTTGGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGc < 2:380544/143‑1 (MQ=255) cGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTCAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTGCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTga > 2:459407/1‑142 (MQ=255) gACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAGCATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCACCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTaaaa < 1:185206/143‑1 (MQ=255) gACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCAAGTTTATACTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTaaaa < 1:767847/143‑1 (MQ=255) aCCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAg < 1:359825/143‑1 (MQ=255) aCCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAg < 1:767144/143‑1 (MQ=255) aCCGGAGTTCTTGGGGAACGTCCCGGGCAGAACAGGGC‑CGTAGTGCCATGTGTTTATTGTTGAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGGTCAAGCTTAGAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAg < 2:202229/143‑1 (MQ=255) cTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGGGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCGCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAGAAGGa > 1:309474/1‑143 (MQ=255) gATCTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACa < 1:149280/143‑1 (MQ=255) ttCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCACGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGACTTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTg < 1:869944/143‑1 (MQ=255) tCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAACGCCCCCCCGTCCATTCAT‑AATCAATTTGCATTACCTTAGTTCCAGCTTATAATTTGTGACCAAAACACGCTGTAAAAGGACAGTGa > 2:673886/1‑143 (MQ=255) cTTTTGGAACGTCCCTCGTATAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGCAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGaa < 2:706455/143‑1 (MQ=255) cTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑ACTGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGaa > 2:653106/1‑143 (MQ=255) ttttGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGA‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAAt < 1:128541/143‑1 (MQ=255) cGTCCCTCGCACAACATGAC‑CTTAGTGCCGTGTTTTTATTGTTTTAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCg < 2:119199/143‑1 (MQ=255) gCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTATTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAACACAGGCTGTCCAAGGCCAGTGAATCCTGCCAGATAATgca > 1:419368/1‑142 (MQ=255) gCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGACTACAAGTCCATTAAT‑AATGAATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGAAAGTGAATCATGCACGATAATgct > 1:872964/1‑143 (MQ=255) 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tAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCAATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCACGCTGt > 1:578677/1‑143 (MQ=255) tAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCAAGTCCGTAAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCACGCTGt < 1:621530/143‑1 (MQ=255) aGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCACGCTGTa < 1:805499/143‑1 (MQ=255) tGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCACAAAACAGGCTGTAAACGGACAGTCAATCATGCCCCCTACTGCTCGCTCTCACgatctaat > 2:586291/1‑136 (MQ=255) | TCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAAT‑AATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCACGCTGTACT > NC_000913/3276750‑3277033 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |