Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,048,429 | C→T | 8.2% | W88* (TGG→TAG) ‡ | gfcC ← | capsule biosynthesis GfcC family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,048,429 | 0 | C | T | 8.2% | 125.6 / 2.6 | 51 | W88* (TGG→TAG) ‡ | gfcC | capsule biosynthesis GfcC family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/30); new base T (2/2); total (18/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.31e-01 |
AACGGGGGATTGCTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACATTTT > NC_000913/1048288‑1048564 | accGGGGGATTGCTGTTCTCTTCCACTCGTACGAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCa < 2:308104/141‑1 (MQ=255) aCGGGGGATTGCTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAg < 1:552745/143‑1 (MQ=255) aCGGGGGATTGCTGCTCTCACCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAg < 1:158199/143‑1 (MQ=255) aTTGCTGTGCCCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGaagcaa < 2:21460/143‑1 (MQ=255) gCTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCTGGGaagcagaag < 1:723760/143‑5 (MQ=255) gCTGTGCGCCTCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCTGGGaagcagaag < 1:723625/143‑5 (MQ=255) gTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGCGATTGAGCAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCCAGCtgtg > 1:876311/1‑143 (MQ=255) tctcATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAATTGTTGTCGCATGGCTTTAAGCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGcc < 2:194967/143‑1 (MQ=255) ctcATCCACTCGTACAAAGTCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCa < 2:343750/143‑1 (MQ=255) tcagtcACTCGTAGTAAATCAGGGTCCAGTGTGACCGGTGAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCAt < 2:273683/138‑1 (MQ=255) tcATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCAt > 1:490701/1‑143 (MQ=255) tcATCCACTCGTACAAAATAAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGCGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCAt > 1:63767/1‑143 (MQ=255) aCTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCAGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGtgccatgccaag > 2:865223/1‑141 (MQ=255) cGTACAAAATCCGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTg < 1:567962/143‑1 (MQ=255) actCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCt < 1:153447/141‑1 (MQ=255) aagcAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCt < 1:146480/140‑1 (MQ=255) aTCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCtt < 1:510742/143‑1 (MQ=255) gggcccgTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGGACGGATTTAATCTTGGCCGCCACGTCGTCGTCAGTTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAgc < 2:849312/137‑1 (MQ=255) gTCCAGTCTGACCCGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAgcg < 1:311376/143‑1 (MQ=255) tCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCTTGGGAGCAAGCCCTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAgcgc > 2:189808/1‑143 (MQ=255) ccAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCt < 1:262612/143‑1 (MQ=255) cAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCtt < 1:103516/143‑1 (MQ=255) tttGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTCAGCGCTTGAg > 2:349697/1‑143 (MQ=255) gTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCACGAAGCAAGCTGTGCCATGCCATGTTGGCAGTCTTTAAGCGCTGTAGCTGTcgcc > 1:733818/1‑143 (MQ=255) cGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCaga < 1:585421/143‑1 (MQ=255) ggtatatTGGGATTGAGGAACTGCTGGCGCCCGGGTTTAATGGTGGCCGCCACATCTTCGTCAGCTTCTGCTACCCGGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTGAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGt < 2:223117/140‑1 (MQ=255) tGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTc < 2:769047/143‑1 (MQ=255) atatTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCGACATCGTCGTCCGCTACTGCGTTCCGTGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTGCCGGCAGCGTCGGCCAg > 2:692197/1‑143 (MQ=255) tatGGAGATTGAGTAACGGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCGGCAGAGTCGGTCAGc < 2:773470/143‑1 (MQ=255) tgagattgagTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGGCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGGGGCGGTCAGCagg > 1:148631/1‑141 (MQ=255) ttgagTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGAAATGTTGGTAGGCTTTAAGCGCTTTCGCTGTCGCCGCGGGGGCGGTGAGCAAGGCAcg > 1:370713/1‑142 (MQ=255) tgagTAACTGCTGGCGCACGGATGTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTGTGCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCa < 2:896906/143‑1 (MQ=255) gagTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAg > 1:885439/1‑143 (MQ=255) gagTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCACCGCAGAGACGGTCAACAAGGCACCAg > 2:112287/1‑143 (MQ=255) ctgctgGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGccacc < 1:913469/143‑1 (MQ=255) gcttgaaTCGTCGCCGCCACAGCGTCGTCAGTTTCTGCTTCCCAGGGAGCAAGCTGTGCCATGACATGGTGGTAGTGTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATcgcg < 1:515383/138‑1 (MQ=255) ttAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTCCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAg > 2:103093/1‑143 (MQ=255) cGTTGCGGCCACACCGTCGTCAGCTTCGGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCg < 2:57208/143‑1 (MQ=255) gTTGCCGCCAGATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTGTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCgg < 2:181533/143‑1 (MQ=255) gTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTGAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCACCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCACGCAgcagcag > 1:498676/1‑137 (MQ=255) tGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGtt < 2:523127/143‑1 (MQ=255) cacaTCGTCGGCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCa < 1:446492/143‑1 (MQ=255) tcgtcgGCCTCTGCTGCCCACGAAGCAAGCTGTGCCATGACGTGTTGGTAGCCTTTAAGCGCTTTAGCTTGCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGGGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTg < 2:474896/143‑1 (MQ=255) gtcAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCCTGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGa < 1:865223/143‑1 (MQ=255) aGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTGACCAACTGGacaa > 2:118809/1‑143 (MQ=255) gCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGTCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCCGAGGCGGTCAGCAAGGCAACAGGCCTCCAGCGGCGATCGCGCGGTTGCGGGTGCGTCACCAACCGGacaac > 1:716232/1‑143 (MQ=255) gCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTGGTGTCCCCACCTGGacaac > 1:195150/1‑143 (MQ=255) cTTCTGTTTCCCAGGTAGCAAGCTGTGTCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGacaaca < 2:510780/143‑1 (MQ=255) cTTCTGCTTCCCCTCATGCAAGCTGTGCCACGACATGTGGTTAGTCTTTACGCGCTTTAGCGTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCCCCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGacaaca < 2:636345/143‑1 (MQ=255) gcttGCTTCCTGGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACAt > 2:73120/4‑143 (MQ=255) tccgtCCGAGGAAGCAAGCCGTGCCATGGCAGGCTGGTAGGCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCGGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACAtttt < 2:615686/139‑1 (MQ=255) | AACGGGGGATTGCTGTTCTCATCCACTCGTACAAAATCAGGGTCCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGCAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGCGCAGTTGCGGTTGTGTCACCAACTGGACAACATTTT > NC_000913/1048288‑1048564 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |