| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,288,032 | C→A | 8.5% | intergenic (+22/‑58) | yraH → / → yraI | putative fimbrial protein YraH/putative fimbrial chaperone YraI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,288,032 | 0 | C | A | 8.5% | 116.4 / 2.9 | 47 | intergenic (+22/‑58) | yraH/yraI | putative fimbrial protein YraH/putative fimbrial chaperone YraI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/27); new base A (2/2); total (18/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
GAATCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTA > NC_000913/3287891‑3288173 | gAATCCAATGCTATCGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCCACCGTAGTTCCATCAGAAACCACCCCCGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCt < 2:499499/143‑1 (MQ=255) aTCCAATGGTATTGTCAAGGTTGACCTCACCGCTTACTACGGATCAACCGTAGTCCCATCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGt < 1:66550/143‑1 (MQ=255) cAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAg > 2:368345/1‑143 (MQ=255) aaTGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGa > 1:28746/1‑143 (MQ=255) 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1:584768/1‑143 (MQ=255) gTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCt > 1:256303/1‑143 (MQ=255) cactGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATTAACCGTCGTTCCATCAG‑ACGAATCGTTGATGAGATCTTTCGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCttt < 1:307464/140‑1 (MQ=255) taTGTTGACCGTATCGCTTACTACGTATCTACCGTAGTTCCATCAGAAATCAGCCGTTGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCtttt < 2:240159/142‑1 (MQ=255) tGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTttcc < 2:202712/143‑1 (MQ=255) gACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCGCCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTttccttcc < 2:596030/143‑1 (MQ=255) 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2:153678/1‑143 (MQ=255) cGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGATGTATCAGGATGaaaa > 2:13487/1‑143 (MQ=255) tAGCTCCATCAGAAATCACCCCAGTGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTTTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAAt < 1:445697/143‑1 (MQ=255) gTTCCATCAGCTACCGCCCCCGCGAA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTATCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATaa < 2:332514/143‑1 (MQ=255) caccAGACAGCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCCAACGTTAACGTAACGCTCGATTACCGTTAATACGATCGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCATTAGCTATTCTCTTTCTCGTTGTATCATGTTTAAAAATAACTAt < 2:113308/140‑1 (MQ=255) aTCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCCCTTTCTCGTTGTCTCAGGTTGAGACGTAACTATg > 1:434542/1‑143 (MQ=255) 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1:190066/143‑1 (MQ=255) cgtaacgCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTGGCAAAAGAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGAGATTAAACTAGTTttgt > 2:538227/1‑143 (MQ=255) cgCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCtt < 2:584768/143‑1 (MQ=255) gCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGACAATAATCGATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTc > 1:150945/1‑143 (MQ=255) ttAGCGGTAGTAGGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTTGTTGTACCACATCCAGATTTTCCCGGGTCAATACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTAtt < 2:477585/143‑1 (MQ=255) ttACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTAtt < 1:368345/143‑1 (MQ=255) tgccGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTGTCCTTCCTCTGTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTAGGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTg < 2:127488/141‑1 (MQ=255) tACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTg > 2:507638/1‑143 (MQ=255) cGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGcc < 1:163743/143‑1 (MQ=255) ttAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTGTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAg < 2:385008/143‑1 (MQ=255) tAATGCTTTAGGGCGTTATCTGACCAGTCAGATAGCGCCCTGGGCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAgg < 1:231504/143‑1 (MQ=255) cGTTATCTGACAGGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTGTGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCaggggg > 1:498569/1‑143 (MQ=255) cGTTATCTGACAGGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGGGCTTGCaggagg > 2:321775/1‑143 (MQ=255) aTCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGACAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCTCTTGCCGGAGGAATc > 2:55586/1‑143 (MQ=255) tGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGtt > 1:372728/1‑143 (MQ=255) gACCTGTCAGATAACGCCCGTTTCCTTCCTCTTGCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGttt < 1:108565/143‑1 (MQ=255) ccTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTAAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTa > 2:441505/1‑143 (MQ=255) ccTGGCAGATAACGCCCTCTTCCTTCCACTGTCTGGTGGTATCAGGTTGAAAAATAGCTATGTCAAACCGAACCTTCGCGGTGAGATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTa < 2:245726/143‑1 (MQ=255) | GAATCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTA > NC_000913/3287891‑3288173 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |