Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,288,033 | T→G | 8.6% | intergenic (+23/‑57) | yraH → / → yraI | putative fimbrial protein YraH/putative fimbrial chaperone YraI |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,288,033 | 0 | T | G | 8.6% | 120.2 / 3.2 | 48 | intergenic (+23/‑57) | yraH/yraI | putative fimbrial protein YraH/putative fimbrial chaperone YraI |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/26); new base G (2/2); total (19/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.70e-01 |
GAATCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTACA > NC_000913/3287891‑3288175 | gAATCCAATGCTATCGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCCACCGTAGTTCCATCAGAAACCACCCCCGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCt < 2:499499/143‑1 (MQ=255) aTCCAATGGTATTGTCAAGGTTGACCTCACCGCTTACTACGGATCAACCGTAGTCCCATCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGt < 1:66550/143‑1 (MQ=255) cAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAg > 2:368345/1‑143 (MQ=255) aaTGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGa > 1:28746/1‑143 (MQ=255) ttctagtGTCTATGTTGATTTCATCGCTTATTACGTATTAACCGTAGTTCCATCAGAGATCACCCCTGTGTA‑AGCTGATGCTTTCGTTATCGTATCTCTTGTTTTCCTTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATa < 2:46958/137‑1 (MQ=255) tGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAACTCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGCTAGGGCGTTATCTGACCCGCCAgtga > 2:108565/1‑140 (MQ=255) gttATTGTGCAGGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCATAAATCAACCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACAGGTCAGATaa < 2:455535/141‑1 (MQ=255) ggTATTGTCAATGTTGACCTCTTCGCTTACTAGTTATCAACCGTAGTTCTATCATAAATCACCCCAGGGGC‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACAGGTCAGATaa < 2:455152/143‑1 (MQ=255) ggTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATaa < 2:49191/143‑1 (MQ=255) tGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGccc > 1:584768/1‑143 (MQ=255) gTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCt > 1:256303/1‑143 (MQ=255) cactGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATTAACCGTCGTTCCATCAG‑ACGAATCGTTGATGAGATCTTTCGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCttt < 1:307464/140‑1 (MQ=255) taTGTTGACCGTATCGCTTACTACGTATCTACCGTAGTTCCATCAGAAATCAGCCGTTGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCtttt < 2:240159/142‑1 (MQ=255) tGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTttcc < 2:202712/143‑1 (MQ=255) gACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCGCCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTttccttcc < 2:596030/143‑1 (MQ=255) ccTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCctc < 2:220619/143‑1 (MQ=255) cTTACTACGTATCAACCGTAGTTCAATCAGAGATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGt < 1:546108/143‑1 (MQ=255) ctacGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTa > 1:457122/1‑143 (MQ=255) tgcGTAGCAACCGTAGTGCCATCAGAAATCACCCCAGGCGA‑AGCAGACGTTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTAt < 2:41929/141‑1 (MQ=255) tCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGtt > 2:345459/1‑143 (MQ=255) aaCCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGCTTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTGCTTCATCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGa > 2:153678/1‑143 (MQ=255) cGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGATGTATCAGGATGaaaa > 2:13487/1‑143 (MQ=255) tAGCTCCATCAGAAATCACCCCAGTGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTTTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAAt < 1:445697/143‑1 (MQ=255) gTTCCATCAGCTACCGCCCCCGCGAA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTATCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATaa < 2:332514/143‑1 (MQ=255) caccAGACAGCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCCAACGTTAACGTAACGCTCGATTACCGTTAATACGATCGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCATTAGCTATTCTCTTTCTCGTTGTATCATGTTTAAAAATAACTAt < 2:113308/140‑1 (MQ=255) aTCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCCCTTTCTCGTTGTCTCAGGTTGAGACGTAACTATg > 1:434542/1‑143 (MQ=255) tCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGt > 2:545469/1‑143 (MQ=255) ggA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTcgcg < 1:191946/143‑1 (MQ=255) gaaaccaaCGCTATCGTCAACGTAACACAGGCTTACCGTTAAAACGCTAGGGCCACGACGGAACTGTACATTGACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTATAATAGTGTAAGGTGGATAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCgg < 2:169935/136‑1 (MQ=255) tgcataggCTCTCGTTCGCGTGACGCTGGATTTGCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATTACGTCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTg < 2:19923/136‑1 (MQ=255) aagttgtCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATAtt < 2:256303/137‑1 (MQ=255) cTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCGGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAAc < 1:190066/143‑1 (MQ=255) cgtaacgCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTGGCAAAAGAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGAGATTAAACTAGTTttgt > 2:538227/1‑143 (MQ=255) cgCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCtt < 2:584768/143‑1 (MQ=255) gCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGACAATAATCGATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTc > 1:150945/1‑143 (MQ=255) ttAGCGGTAGTAGGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTTGTTGTACCACATCCAGATTTTCCCGGGTCAATACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTAtt < 2:477585/143‑1 (MQ=255) ttACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTAtt < 1:368345/143‑1 (MQ=255) 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1:498569/1‑143 (MQ=255) cGTTATCTGACAGGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGGGCTTGCaggagg > 2:321775/1‑143 (MQ=255) aTCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGACAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCTCTTGCCGGAGGAATc > 2:55586/1‑143 (MQ=255) tGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGtt > 1:372728/1‑143 (MQ=255) gACCTGTCAGATAACGCCCGTTTCCTTCCTCTTGCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGttt < 1:108565/143‑1 (MQ=255) ccTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTAAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTa > 2:441505/1‑143 (MQ=255) ccTGGCAGATAACGCCCTCTTCCTTCCACTGTCTGGTGGTATCAGGTTGAAAAATAGCTATGTCAAACCGAACCTTCGCGGTGAGATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTa < 2:245726/143‑1 (MQ=255) tGTCAGTTACCGCCCCTTTCCTTCCTCTTTCTCTTTTTCTCAGGTTGAAAAATAACTATGTCTACACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGTAATCGTTTTACa < 2:229323/143‑1 (MQ=255) tGTCAGATAACGCCCTTATCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTCGTGTAGCTTCCGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATGGGTTTACa > 2:271888/1‑143 (MQ=255) | GAATCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGA‑AGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTACA > NC_000913/3287891‑3288175 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |