Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,299,273 | Δ1 bp | 8.3% | intergenic (+28/‑258) | ychE → / → insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,299,273 | 0 | T | . | 8.3% | 545.5 / 40.1 | 169 | intergenic (+28/‑258) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (72/83); new base . (7/7); total (79/90) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
GGGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCAC > NC_000913/1299124‑1299420 | gTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGc < 1:2203181/150‑1 (MQ=255) ttttACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCt > 2:1518891/1‑150 (MQ=255) ttACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTcc < 1:1299035/150‑1 (MQ=255) aCGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGt < 1:2053777/150‑1 (MQ=255) cGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGCATGGCA‑GCTCCGtt < 1:81908/150‑1 (MQ=255) gCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGTCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGttt < 2:2088641/150‑1 (MQ=255) gcAGACCGGCATCAAAGTGTTTTCGCGTATTATGGGTCTTTTGCTGATGGCATTGGGGATTGTATTTATCGTTAATGGTATTATGGGGTTTTTCGCCGGCCTGCTTAATTATTTCCTTTCATATTAAACGGAGCTTGGCA‑GCTCCGtttc < 2:1888918/149‑2 (MQ=255) ccAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGCATGGCA‑GCTCCGtttc < 1:270404/150‑2 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |