New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 3252144 | NA (NA) | 10 (0.070) | 9/264 | NT | NA | noncoding (20/29 nt) | other | REPv234b |
? | NC_000913 | = 3252155 | NA (NA) | noncoding (9/29 nt) | other | REPv234b |
CGAGATGTTCGCTTCGGTTAAAAAAAGGCACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/3251990‑3252144 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccagatGCGCTACGCTTATCTGGTCTGCGCGGGTTATGCAATCTATTGAATGTACAATGTTTTGTATGTCAGATAAGGCGTTCATGCCACATCCGACATGAACAACATGCACTTAGCTAATTATCAGAGGCACCTCGTAAGGTGCCTTTTTTTAA < NC_000913/3252155‑3252007 CGAGATGTTCGCTTCGGTTAAAAAAAGGCACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGAC > 1:1210929/1‑150 GAGATGTTCGCTTCGGTTAAAAAAAGGCACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACC < 2:311223/150‑1 AGATGTTCGCTTCGGTTAAAAAAAGGCACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCA > 1:1976497/1‑150 GATGTTCGCTTCGGTTAAAAAAAGGCACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAG > 2:1404975/1‑150 GATGTTAGCTTCGGTTAAAAAAAGGGACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAG < 2:1318570/150‑1 ATGTTCGCTTCGGTTAAAAAAAGGCACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGA > 2:1806646/1‑150 TGTTCGCTTCGGTTAAAAAAAGGCACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGAT > 1:1452428/1‑150 AAAAAAAGGCACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATGCGCTACGCTTATC < 1:1762201/150‑1 AAAAAAGGCACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATGCGCTACGCTTATCT < 1:1280039/150‑1 AAAAGGCACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATGCGCTACGCTTATCTGG < 2:842198/150‑1 AAAAGGCACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATGCGCTACGCTTATCTGG < 1:1595381/150‑1 GGCACCTTACGAGGCGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATGCGCTACGCTTATCTGGTCTG < 2:683359/150‑1 ACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATGCGCTACGCTTATCTGGTCTGCGC < 2:62730/150‑1 CCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATGCGCTACGCTTATCTGGTCTGCGCG < 1:181924/150‑1 AGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATGCGCTACGCTTATCTGGTCTGCGCGGGTTATG < 1:738166/150‑1 aAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATGCGCTACGCTTATCTGGTCTGCGCGGGTTATGCAATCTATTGAA < 1:1738927/149‑1 AGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATGCGCTACGCTTATCTGGTCTGCGCGGGTTATGCAATCTATTGAATGTAC < 2:1619903/150‑1 CCAGATGCGCTACGCTTATCTGGTCTGCGCGGGTTATGCAATCTATTGAATGTACAATGTTTTGTATGTCAGATAAGGCGTTCATGCCACATCCGACATGAACAACATGCACTTAGCTAATTATCAGAGGCACCTCGTAAGGTGCCTTTT < 2:2060350/150‑1 CAGATGCGCTACGCTTATCTGGTCTGCGCGGGTTATGCAATCTATTGAATGTACAATGTTTTGTATGTCAGATAAGGCGTTCATGCCACATCCGACATGAACAACATGCACTTAGCTAATTATCAGAGGCACCTCGTAAGGTGCCTTTTT < 1:2334444/150‑1 AGATGCGCTACGCTTATCTGGTCTGCGCGGGTTATGCAATCTATTGAATGTACAATGTTTTGTATGTCAGATAAGGCGTTCATGCCACATCCGACATGAACAACATGCACTTAGCTAATTATCAGAGGCACCTCGTAAGGTGCCTTTTTT < 2:1467881/150‑1 AGATGCGCTACGCTTATCTGGTCTGCGCGGGTTATGCAATCTATTGAATGTACAATGTTTTGTATGTCAGATAAGGCGTTCATGCCACATCCGACATGAACAACATGCACTTAGCTAATTATCAGAGGCACCTCGTAAGGTGCCTTTTTT < 2:47737/150‑1 AGATGCGCTACGCTTATCTGGTCTGCGCGGGTTATGCAATCTATTGAATGTACAATGTTTTGTATGTCAGATAAGGCGTTCATGCCACATCCGACATGAACAACATGCACTTAGCTAATTATCAGAGGCACCTCGTAAGGTGCCTTTTTT < 1:1046177/150‑1 ATGCGCTACGCTTATCTGGTCTGCGCGGTTTATGCAATCTTTTGAATGTACAATGTTTTGTATGTCAGATAAGTCTTTAATTCCACATGCGACATGATCAACATGCACTTAGCTATTTATCAGAGGCACCTCGTAAGGTGCCTTTTTTTA < 2:1046730/150‑1 ATGCGCTACGCTTATCTGGTCTGCGCGGGTTATGCAATCTATTGAATGTACAATGTTTTGTATGTCAGATAAGGCGTTCATGCCACATCCGACATGAACAACATGCACTTAGCTAATTATCAGAGGCACCTCGTAAGGTGCCTTTTTTTA > 1:1959252/1‑150 ATGCGCTACGCTTATCTGGTCTGCGCGGGTTATGCAATCTATTGAATGTACAATGTTTTGTATGTCAGATAAGGCGTTCATGCCACATCCGACATGAACAACATGCACTTAGCTAATTATCAGAGGCACCTCGTAAGGTGCCTTTTTTTA < 2:700814/150‑1 TGCGCTACGCTTATCTGGTCTGCGCGGGTTATGCAATCTATTGAATGTACAATGTTTTGTATGTCAGATAAGGCGTTCATGCCACATCCGACATGAACAACATGCACTTAGCTAATTATCAGAGGCACCTCGTAAGGTGCCTTTTTTTAA < 2:1133264/150‑1 CGAGATGTTCGCTTCGGTTAAAAAAAGGCACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/3251990‑3252144 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccagatGCGCTACGCTTATCTGGTCTGCGCGGGTTATGCAATCTATTGAATGTACAATGTTTTGTATGTCAGATAAGGCGTTCATGCCACATCCGACATGAACAACATGCACTTAGCTAATTATCAGAGGCACCTCGTAAGGTGCCTTTTTTTAA < NC_000913/3252155‑3252007 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |