| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 569173 = | 3760 (28.560) | coding (272/1527 nt) | ybcK | DLP12 prophage; putative recombinase | |||||
Only 100 of 6474 total aligned reads displayed.
GGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATTAATAA > NC_000913/569000‑569298 | ggTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGT > 1:222066‑M1/1‑150 (MQ=255)cctttgtgctataagtatggcttttattaatgaatatggctcattcaaagagtcaatattatagactgtattgtcgcaaagagttataacatcaataccgtgattcaaaatcaatttcagacgttcaatcgcttcaccgactttttctct < 1:410663‑M1/1‑1 (MQ=255)cctttgtgctataagtatggcttttattaatgaatatggctcattcaaagagtcaatattatagactgtattgtcgcaaagagttataacatcaataccgtgattcaaaatcaatttcagacgttcaatcgcttcaccgactttttctct < 1:1648152‑M1/1‑1 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aCATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCatat < 1:2440839/150‑1 (MQ=255) aTTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTc < 1:365202/150‑1 (MQ=255) ttGTTAGTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCa < 2:1125272/150‑1 (MQ=255) tGTTAGTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCAt < 1:1377998/150‑1 (MQ=255) gTTAGTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCAtt < 2:818842/150‑1 (MQ=255) tAGTTGAAAGTCTGGAcagactttcaactaacaatgtagttcctggcaatatataaccatgctctttagcatctaaaaattccgaaaaagctcctgattgtgcatgctttcctttgaatgcacttaatcctaaatcttcatatgttatgg < 2:1737349‑M2/150‑135 (MQ=255) aGTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATtaat < 1:891932/150‑1 (MQ=255) aGTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATtaat > 2:2377672/1‑150 (MQ=255) gTTGAAAGTCTGGAcagactttcaactaacaatgtagttcctggcgatatataaccatgctctatagcatctaaaaattccgaaaaagctcctgattgtgcatgctttcctttgaatgcacttaatcctaaatcttcatatgttatgata < 1:1956225‑M2/150‑137 (MQ=255) gTTGAAAGTCTGGAcagactttcaactaacaatgtagttcctggcaatatataaccatgctctatagcatctaaaaattccgaaaaagctcctgattgtgcatgctttcctttgaatgcacttaatcctaaatcttcatatgttatggtt < 1:2049477‑M2/150‑137 (MQ=255) gTTGAAAGTCTGGAcagactttcaactaacaatgtagttcctggcaatatataaccatgctctatagcatctaaaaattccgaaaaagctcctgattgtgcatgctttcctttgaatgcacttaatcctaaatcttcatatgttatggta < 2:1169921‑M2/150‑137 (MQ=255) gTTGAAAGTCTGGAcagactttcaactaacaatgtagttcctggcaatatataaccatgctctatagcatctaaaaattccgaaaaagctcctgattctgcatgcattcctttgaatgcacttaatcctaaatcttcatatgttatcgta < 1:2477063‑M2/150‑137 (MQ=255) | GGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATTAATAA > NC_000913/569000‑569298 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |