New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_000913 | = 3967703 | 133 (0.930) | 14 (0.110) | 13/252 | NT | 10.0% | intergenic (+27/‑213) | rho/rfe | transcription termination factor Rho/UDP‑N‑acetylglucosamine‑‑undecaprenyl‑phosphate N‑acetylglucosaminephosphotransferase |
? | NC_000913 | = 3967707 | 130 (1.000) | intergenic (+31/‑209) | rho/rfe | transcription termination factor Rho/UDP‑N‑acetylglucosamine‑‑undecaprenyl‑phosphate N‑acetylglucosaminephosphotransferase |
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
TGTGGATCCTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTC > NC_000913/3967555‑3967852 | tgtgGATCCTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACgtg < 1:225502/150‑1 (MQ=255) ggATCCTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTaaac > 1:1924773‑M1/1‑146 (MQ=255) ggATCCTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAAATTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGttt > 2:1424761/1‑150 (MQ=255) gATCCTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTa < 1:903755‑M2/150‑2 (MQ=255) tCCTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTacg < 1:1006142‑M2/150‑4 (MQ=255) tGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTacgtgg > 1:1866382‑M2/1‑144 (MQ=255) gcgcAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCATTGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTaaacacgtggc < 1:1337033‑M1/150‑12 (MQ=255) gcgcAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTacgtggc < 1:1772923‑M2/150‑8 (MQ=255) 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aaaCGCCACGTGTTTacgtggcgtttttggcataagacaaatttatgagcgtttcatcatttcgaagaaatcgtcattggtctcggtcattgccagtttattaatgaggaattccattgcatcgatttcgcccatcgggtgaatgatttt < 1:1952689‑M2/150‑136 (MQ=255) aaCGCCACGTaaacacgtggcgtttttggcataagacaaatttatgagcgtttcatcatttcgaagaaatcgtcattggtcttggtcattgccagtttattaatgaggaattccattgcatcgatttcgcccatcgggtgaatgattttg > 2:2242408‑M1/1‑10 (MQ=255) aaCGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGTCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGaa < 2:1754810/150‑1 (MQ=255) aaCGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGc > 2:59398/1‑100 (MQ=255) aCGCCACGTGTTTacgtggcgtttttggcataagacaaatttatgagcgtttcatcatttcgaagaaatcgtcattggtcttggtcattgccagtttattaatgaggaattccattgcatcgatttcgcccatcgggtgaatgattttgc < 2:990570‑M2/150‑138 (MQ=255) ccACGTaaacacgtggcgtttttggcataagacaaatttatgagcgtttcatcatttcgaagaaatcgtcattggtcttggtcattgccagtttattaatgaggaattccattgcatcgatttcgcccatcgggtgaatgattttgcgca > 2:2260225‑M1/1‑6 (MQ=255) cACGTaaacacgtggcgtttttggcataagacaaatttatgagcgtttcatcatttcgaagaaatcgtcattggtcttggtcattgccagtttattaatgaggaattccattgcatcgatttcgcccatcgggtgaatgattttgcgcag < 2:618577‑M1/150‑146 (MQ=255) cACGTaaacacgtggcgtttttggcataagacaaatttatgagcgtttcatcatttcgaagaaatcgtcattggtcttggtcattgccagtttattaatgaggaattccattgcatcgatttcgcccatcgggtgaatgattttgcgcag < 2:2171644‑M1/150‑146 (MQ=255) aCGTaaacacgtggcgtttttggcataagacaaatttatgagcgtttcatcatttcgaagaaatcgtcattggtcttggtcattgccagtttattaatgaggaattccattgcatcgatttcgcccatcgggtgaatgattttgcgcagg > 2:542214‑M1/1‑4 (MQ=255) cGTaaacacgtggcgtttttggcataagacaaatttatgagcgtttcatcatttcgaagaaatcgtcattggtcttggtcattgccagtttattaatgaggaattccattgcatcgatttcgcccatcgggtgaatgattttgcgcagga < 1:1006142‑M1/150‑148 (MQ=255) gTaaacacgtggcgtttttggcataagacaaatttatgagcgtttcatcatttcgaagaaatcgtcattggtcttggtcattgccagtttattaatgaggaattccattgcatcgatttcgcccatcgggtgaatgattttgcgcaggat < 2:1501090‑M1/150‑149 (MQ=255) tgtTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTc > 2:1458243/1‑150 (MQ=255) | TGTGGATCCTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTC > NC_000913/3967555‑3967852 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |