Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,900,003 | C→T | 6.1% | T526M (ACG→ATG) | pdeD → | putative c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,900,003 | 0 | C | T | 6.1% | 413.0 / 10.7 | 131 | T526M (ACG→ATG) | pdeD | putative c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (58/65); new base T (3/5); total (61/70) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.23e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.35e-01 |
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
GGAAACGCAAGAACAGGCGAAGTATTTGCGCCGTCATGGCGTGCATATTTTGCAAGGGTATTTGTACGCACAGCCGATGCCGCTACGTGATTTTCCCAAATGGCTGGCGGGCAGCCAACCGCCGCCCGCCCGGCATAATGGACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGA > NC_000913/1899854‑1900152 | ggAAACGCAAGAACAGGCGAAGTATTTGCGCCGTCATGGCGTGCATATTTTGCAAGGGTATTTGTACGCACAGCCGATGCCGCTACGTGATTTTCCCAAATGGCTGGCGGGCAGCCAACCGCCGCCCGCCCGGCATAATGGACATATCAc < 2:580748/150‑1 (MQ=255) gAAACGCAAGAACAGGCGAAGTATTTGCGCCGTCATGGCGTGCATATTTTGCAAGGGTATTTGTACGCACAGCCGATGCCGCTACGTGATTTTCCCAACTGGCTGGCGGGCAGCCAACCGCCGCCCGCCCGGCATAATGGACATATCACg < 1:2204442/150‑1 (MQ=255) aaaCGCAAGAACAGGCGAAGTATTTGCGCCGTCATGGCGTGCATATTTTGCAAGGGTATTTGTACGCACAGCCGATGCCGCTACGTGATTTTCCCAAATGGCTGGCGGGCAGCCAACCGCCGCCCGCCCGGCATAATGGACATATCACGc > 1:1305744/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |