| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 182,661 | G→C | 5.9% | V67L (GTA→CTA) | cdaR → | DNA‑binding transcriptional activator CdaR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 182,661 | 0 | G | C | 5.9% | 576.4 / 19.3 | 169 | V67L (GTA→CTA) | cdaR | DNA‑binding transcriptional activator CdaR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (89/70); new base C (5/5); total (94/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.28e-01 | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
GTACCATGCGCATCATCGATACCAATATCAACGTAATGGATGCCCGTGGGCGAATTATCGGCAGCGGCGATCGTGAGCGTATTGGTGAATTGCACGAAGGTGCATTGCTGGTACTTTCACAGGGACGAGTCGTCGATATCGATGACGCGGTAGCACGTCATCTGCACGGTGTGCGGCAGGGGATTAATCTACCGTTACGGCTGGAAGGTGAAATTGTCGGCGTAATTGGCCTGACAGGTGAACCAGAGAATCTGCGTAAATATGGCGAACTGGTCTGCATGACGGCTGAAATGATGCTG > NC_000913/182512‑182810 | gTACCATGCGCATCATCGATACCAATATCAACGTAATGGATGCCCGTGGGCGAATTATCGGCAGCGGCGATCGTGAGCGTATTGGTGAATTGCACGAAGGTGCATTGCTGGTACTTTCACAGGGACGAGTCGTCGATATCGATGACGCgg > 1:1046661/1‑150 (MQ=255)gTACCATGCGCATCATCGATACCAATATCAACGTAATGGATGCCCGTGGGCGAATTATCGGCAGCGGCGATCGTGAGCGTATTGGTGAATTGCACGAAGGTGCATTGCTGGTACTTTCACAGGGACGAGTCGTCGATATCGATGACGCgg > 2:755954/1‑150 (MQ=255) tACCATGCGCATCATCGATACCAATATCAACGTAATGGATGCCCGTGGGCGAATTATCGGCAGCGGCGATCGTGAGCGTATTGGTGAATTGCACGAAGGTGCATTGCTGGTACTTTCACAGGGACGAGTCGTCGATATCGATGACGCGGt < 2:1385198/150‑1 (MQ=255) 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gATATCGATGACGCGGTAGCACGTCATCTGCACGGTGTGCGGCAGGGGATTAATCTACCGTTACGGCTGGAAGGTGAAATTGTCGGCGTAATTGGCCTGACAGGTGAACCAGAGAATCTGCGTAAATATGGCGAACTGGTCTGCATGACg > 1:1705612/1‑150 (MQ=255) tCGATGACGCGGTAGCACGTCATCTGCACGGTGTGCGGCAGGGGATTAATCTACCGTTACGGCTGGAAGGTGAAATTGTCGGCGTAATTGGCCTGACAGGTGAACCAGAGAATCTGCGTAAATATGGCGAACTGGTCTGCATGACGGCTg < 2:1677615/150‑1 (MQ=255) cagATGACGTGCTACCGCGTCATCTGCACGGTGTGCGGCAGGGGATTAATCTACCGTTACGGCTGGAAGGTGAAATTGTCGGCGTAATTGGCCTGACAGGTGAACCAGAGAATCTGCGTAAATATGGCGAACTGGTCTGCATGACGGCTg > 2:2413761/3‑150 (MQ=255) cGATGACGCGGTAGCACGTCATCTGCACGGTGTGCGGCAGGGGATTAATCTACCGTTACGGCTGGAAGGTGAAATTGTCGGCGTAATTGGCCTGACAGGTGAACCAGAGAATCTGCGTAAATATGGCGAACTGGTCTGCATGACGGCTGa > 1:559405/1‑150 (MQ=255) agATGACGTGCTACCGCGTCATCTGCACGGTGTGCGGCAGGGGATTAATCTACCGTTACGGCTGGAAGGTGAAATTGTCGGCGTAATTGGCCTGACAGGTGAACCAGAGAATCTGCGTAAata > 1:1782634/2‑123 (MQ=255) 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gTAGCACGTCATCTGCACGGTGTGCGGCAGGGGATTAATCTACCGTTACGGCTGGAAGGTGAAATTGTCGGCGTAATTGGCCTGACAGGTGAACCAGAGAATCTGCGTAAATATGGCGAACTGGTCTGCATGACGGCTGAAATGATGCTg < 1:1683624/150‑1 (MQ=255) | GTACCATGCGCATCATCGATACCAATATCAACGTAATGGATGCCCGTGGGCGAATTATCGGCAGCGGCGATCGTGAGCGTATTGGTGAATTGCACGAAGGTGCATTGCTGGTACTTTCACAGGGACGAGTCGTCGATATCGATGACGCGGTAGCACGTCATCTGCACGGTGTGCGGCAGGGGATTAATCTACCGTTACGGCTGGAAGGTGAAATTGTCGGCGTAATTGGCCTGACAGGTGAACCAGAGAATCTGCGTAAATATGGCGAACTGGTCTGCATGACGGCTGAAATGATGCTG > NC_000913/182512‑182810 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |