Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,982,501 | T→C | 5.0% | intergenic (‑114/+53) | otsB ← / ← araH | trehalose‑6‑phosphate phosphatase/arabinose ABC transporter membrane subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,982,501 | 0 | T | C | 5.0% | 499.5 / 10.3 | 158 | intergenic (‑114/+53) | otsB/araH | trehalose‑6‑phosphate phosphatase/arabinose ABC transporter membrane subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (92/58); new base C (4/4); total (96/62) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.13e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.04e-01 |
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
GGATAGTTCAGGGGTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGAAAGGAGAAATA > NC_000913/1982352‑1982650 | ggATAGTTCAGGGGTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGtt < 1:986874/150‑1 (MQ=255) gATAGTTCAGGGGTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTa < 1:2109928/150‑1 (MQ=255) gTTCAGGGGTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGc > 1:1297633/1‑150 (MQ=255) 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ggTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTGCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGGCAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGCCATAACGGTTGGc < 1:1703214/150‑1 (MQ=255) gTTAGCGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTAtggtg > 2:181568/1‑150 (MQ=255) tAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTggg > 1:758808/1‑150 (MQ=255) cGGTTCTGTCCCCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGaaa > 2:2290476/1‑150 (MQ=255) gTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGaaaaa > 1:1266717/1‑150 (MQ=255) tGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGc > 2:52363/1‑150 (MQ=255) gTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCAATTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTAGCTATGGTGGGAAAAAACGCt > 1:280536/1‑150 (MQ=255) aCCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACCCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTaaa > 2:2092641/1‑150 (MQ=255) cccGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAAt > 1:425689/1‑150 (MQ=255) ccGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAAtt > 1:26370/1‑150 (MQ=255) 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agaaCAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTgc > 1:1266090/1‑150 (MQ=255) cataGCCAACCGCCATAACGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTgcgc > 2:601799/4‑150 (MQ=255) ataGCCAACCGCCATAACGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGcgcg > 2:1302174/3‑150 (MQ=255) aGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACTTACTGCGCGaa < 2:335178/150‑1 (MQ=255) aGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGaa > 2:469096/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |