| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,024,609 | T→G | 8.3% | intergenic (+18/+26) | rcsA → / ← dsrB | DNA‑binding transcriptional activator RcsA/protein DsrB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,024,609 | 0 | T | G | 8.3% | 351.0 / 23.0 | 131 | intergenic (+18/+26) | rcsA/dsrB | DNA‑binding transcriptional activator RcsA/protein DsrB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/66); new base G (2/9); total (56/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
AAAGCCAAGACCGTTTCATCGCATAAAGGTAATATTAAACGTAAGATCAAAACGCATAATAAACAGGTTATCTACCATGTCGTCCGACTGACGGATAATGTGACTAATGGTATTTTTGTCAACATGCGCTAACACATTCTGACTGGTGGTTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTAAACTCCTCAAC > NC_000913/2024460‑2024754 | aaaGCCAAGACCGTTTCATCGCATAAAGGTAATATTAAACGTAAGCTCAAACCGCATAATAAAGAGGTTCTGTACCATGTCGTACGACTGACGGATAATGTGACAAATGGAATTTTTGTCAACATGCGCTAACACATTCTGACTggtggt > 2:2054723/1‑150 (MQ=255) aGCCAAGACCGTTTCATCGCATAAAGGGAATATTAAACGTAAGATCAACACGCATAATAAACAGGTTATCTACCATGTCGTCCGACTGACGGATAATGTGAGTAATGGTAGTTTTGTCAACATGCGCTAGCACATTCTGACTGGTGGttt > 2:2001489/1‑150 (MQ=255) gCCAAGACCGTTTCATCGCATAAAGGTAATATTAAACGTAAGATCAAAACGCATAATAAACAGGTTATCTACCATGTCGTCCGACTGACGGATAATGTGACTAATGGTATTTTTGTCAACATGCGCTAACACATTCTGACTGGTGGTTTc > 1:1318672/1‑150 (MQ=255) 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caTTCTGACTGGTGGTTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTa > 1:2474050/1‑150 (MQ=255) ttCTGACTGGTGGTTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGa > 1:1534644/1‑92 (MQ=255) ttCTGACTGGTGGTTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTaaa > 1:1803224/1‑150 (MQ=255) gACTGGTGGTTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTAAActcc < 1:2245989/150‑1 (MQ=255) gACTGGTGGTTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTAAActcc > 2:64433/1‑150 (MQ=255) gACTGGTGGGAAACCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTAAActcc > 1:1713401/1‑150 (MQ=255) cTGGTGGTTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTAAActcctc < 2:2147695/150‑1 (MQ=255) tggtggTTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTAAACTCCTCa < 1:154283/150‑1 (MQ=255) ggtggtTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTAAACTCCTCaa > 2:1988699/1‑150 (MQ=255) ggtggtTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTAAACTCCTCaa > 1:2462744/1‑150 (MQ=255) ggtggtTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTAAACTCCTCaa > 1:207437/1‑150 (MQ=255) gtggtTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCTAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTAAACTCCTCAAc > 1:1050367/1‑150 (MQ=255) | AAAGCCAAGACCGTTTCATCGCATAAAGGTAATATTAAACGTAAGATCAAAACGCATAATAAACAGGTTATCTACCATGTCGTCCGACTGACGGATAATGTGACTAATGGTATTTTTGTCAACATGCGCTAACACATTCTGACTGGTGGTTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTAAACTCCTCAAC > NC_000913/2024460‑2024754 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |