| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 199,150 | G→A | 5.4% | S408N (AGC→AAC) | bamA → | outer membrane protein assembly factor BamA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 199,150 | 0 | G | A | 5.4% | 411.1 / 5.4 | 127 | S408N (AGC→AAC) | bamA | outer membrane protein assembly factor BamA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (64/56); new base A (3/4); total (67/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TACCTCGAAAGATGCCGTCCTGCGTCGCGAAATGCGTCAGATGGAAGGTGCATGGCTGGGGAGCGATCTGGTCGATCAGGGTAAGGAGCGTCTGAATCGTCTGGGCTTCTTTGAAACTGTCGATACCGATACCCAACGTGTTCCGGGTAGCCCGGACCAGGTTGATGTCGTCTACAAGGTAAAAGAGCGCAACACCGGTAGCTTCAACTTTGGTATTGGTTACGGTACTGAAAGTGGCGTGAGCTTCCAGGCTGGTGTGCAGCAGGATAACTGGTTAGGTACAGGTTATGCTGTTGGTA > NC_000913/199001‑199299 | tACCTCGAAAGATGCCGTCCTGCGTCGCGAAATGCGTCAGATGGAAGGTGCATGGCTGGGGAGCGATCTGGTCGATCAGGGTAAGGAGCGTCTGAATCGTCTGGGCTTCTTTGAAACTGTCGATACCGATACCCAACGTGTTCCGGGTAg > 2:1155549/1‑150 (MQ=255) aCCTCGAAAGATGCCGTCCTGCGTCGCGAAATGCGTCAGATGGAAGGTGCATGGCTGGGGAGCGATCTGGTCGATCAGGGTAAGGAGCGTCTGAATCGTCTGGGCTTCTTTGAAACTGTCGATACCGATACCCAACGTGTTCCGGGTAGc < 1:1990047/150‑1 (MQ=255) aCCTCGAAAGATGCCGTCCTGCGTCGCGAAATGCGTCAGATGGAAGGTGCATGGCTGGGGAGCGATCTGGTCGATCAGGGTAAGGAGCGTCTGAATCGTCTGGGCTTCTTTGAAACTGTCGATACCGATACCCAACGTGTTCCGGGTAGc < 2:529400/150‑1 (MQ=255) 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gCCCGGACCAGGTTGATGTCGTCTACAAGGTAAAAGAGCGCAACACCGGTAGCTTCAACTTTGGTATTGGTTACGGTACTGAAAGTGGCGTGAGCTTCCAGGCTGGTGTGCAGCAGGATAACTGGTTAGGTACAGGTTATGCTGTTGGTa < 1:1292489/150‑1 (MQ=255) | TACCTCGAAAGATGCCGTCCTGCGTCGCGAAATGCGTCAGATGGAAGGTGCATGGCTGGGGAGCGATCTGGTCGATCAGGGTAAGGAGCGTCTGAATCGTCTGGGCTTCTTTGAAACTGTCGATACCGATACCCAACGTGTTCCGGGTAGCCCGGACCAGGTTGATGTCGTCTACAAGGTAAAAGAGCGCAACACCGGTAGCTTCAACTTTGGTATTGGTTACGGTACTGAAAGTGGCGTGAGCTTCCAGGCTGGTGTGCAGCAGGATAACTGGTTAGGTACAGGTTATGCTGTTGGTA > NC_000913/199001‑199299 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |