| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,411,408 | A→T | 7.2% | intergenic (‑56/+31) | yfbS ← / ← hxpA | putative transporter YfbS/hexitol phosphatase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,411,408 | 0 | A | T | 7.2% | 441.0 / 17.8 | 152 | intergenic (‑56/+31) | yfbS/hxpA | putative transporter YfbS/hexitol phosphatase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (82/59); new base T (7/4); total (89/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
AAAGCGACCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTAACCGCAAT > NC_000913/2411261‑2411555 | aaGCGACCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCcgacga > 2:2338985/1‑150 (MQ=255) aCCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACgg > 1:313599/1‑150 (MQ=255) gCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGc < 1:1152007/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |