| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,449,200 | G→A | 7.6% | intergenic (+43/+28) | smrB → / ← yfcO | putative endonuclease SmrB/DUF2544 domain‑containing protein YfcO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,449,200 | 0 | G | A | 7.6% | 475.3 / 18.5 | 157 | intergenic (+43/+28) | smrB/yfcO | putative endonuclease SmrB/DUF2544 domain‑containing protein YfcO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (70/75); new base A (5/7); total (75/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
ATCCGCATGTGATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGGTGTCGATTTGGCG > NC_000913/2449051‑2449349 | aTCCGCATGGGATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTGGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCg < 1:1671336/150‑1 (MQ=255) cGCATGTGATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAAt > 1:1570673/1‑150 (MQ=255) gaaTGTGATGGACATTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGAGGTGATTCGGCGTTGTTGGTGATGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCCACGGAGTTGACCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGCTACGGGTAATGGCAGGGGAGAATg > 2:1121255/3‑150 (MQ=255) 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gTACGGGTAATGGCAGGGGCGCATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGCACTGCAACCGGCAAGTAGACACGATAGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGAGTAACTGTTTGGCCGt > 1:2034476/1‑150 (MQ=255) ggTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAg < 1:344121/150‑1 (MQ=255) tAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAggg > 1:1678376/1‑150 (MQ=255) accaggCAGGGGCATTCGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAggg > 1:1791641/5‑150 (MQ=255) tGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACCCGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGgtgt > 2:469899/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |