| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,449,202 | A→T | 7.6% | intergenic (+45/+26) | smrB → / ← yfcO | putative endonuclease SmrB/DUF2544 domain‑containing protein YfcO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,449,202 | 0 | A | T | 7.6% | 476.5 / 21.9 | 158 | intergenic (+45/+26) | smrB/yfcO | putative endonuclease SmrB/DUF2544 domain‑containing protein YfcO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (70/76); new base T (5/7); total (75/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
CGCATGTGATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGGTGTCGATTTGGCGTG > NC_000913/2449054‑2449351 | cGCATGTGATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAAt > 1:1570673/1‑150 (MQ=255) gaaTGTGATGGACATTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGAGGTGATTCGGCGTTGTTGGTGATGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCCACGGAGTTGACCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGCTACGGGTAATGGCAGGGGAGAATg > 2:1121255/3‑150 (MQ=255) gCATGTGATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATg < 2:1418509/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |