| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,507,106 | A→G | 7.4% | G263G (GGT→GGC) | fryC ← | putative PTS enzyme IIC component FryC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,507,106 | 0 | A | G | 7.4% | 431.2 / 18.4 | 149 | G263G (GGT→GGC) | fryC | putative PTS enzyme IIC component FryC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (67/70); new base G (5/6); total (73/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
GGATAAAGTTGAGCGTTGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCTTTGTTGATCGGGCCACCAAGGTCGATTGCTGTCGCCGCGGCGATCCCCATTGCGTACATCAGCGCGCCCTTCTCACCTGCGGCAGTCAGCACAGTACGGATACCGCCGTTGATCCAGCCACCAAAGGGGGTGATGACGTA > NC_000913/2506957‑2507255 | ggATAAAGTTGAGCGTTGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGCCCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACaaaa > 2:1889194/1‑150 (MQ=255) aGTTGAGCGTTGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCg < 1:392536/150‑1 (MQ=255) tGAGCGTTGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCt > 1:1023410/1‑150 (MQ=255) tGAGCGTTGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCt > 2:265446/1‑150 (MQ=255) aGCGTTGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCttt > 1:720056/1‑150 (MQ=255) aGCGTTGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCttt < 1:308858/150‑1 (MQ=255) aGCGTTGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCttt < 2:2348291/150‑1 (MQ=255) gCGTTGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCTttg < 2:152751/150‑1 (MQ=255) 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aGGCAACAAAACCTGCGGCTTTGTTGATCGGGCCACCAAGGTCGATTGCTGTCGCCGCGGCGATCCCCATTGCGTACATCAGCGCGCCCTTCTCACCTGCGGCAGTCAGCACAGTACGGATACCGCCGTTGATCCAGCCACCAAAggggg > 1:1100206/1‑150 (MQ=255) aGGCAACAAAACCTGCGGCTTTGTTGATCGGGCCACCAAGGTCGATTGCTGTCGCCGCGGCGATCCCCATTGCGTACATCAGCGCGCCCTTCTCACCTGCGGCAGTCAGCACAGTACGGATACCGCCGTTGATCCAGCCACCAAAggggg > 1:2342889/1‑150 (MQ=255) tcaacaaAGCCGCAGGTTTTGTTGATCGGGCCACCAAGGTCGATTGCTGTCGCCGCGGCGATCCCCATTGCGTACATCAGCGCGCCCTTCTCACCTGCGGCAGTCAGCACAGTACGGAAACCGCCGTTGATCCAGCCACCAAAGGCGGtg > 2:1977185/2‑150 (MQ=255) caacaaAACCTGCGGCTTTGTTGATCGGGCCACCAAGGTCGATTGCTGTCGCCGCGGCGATCCCCATTGCGTACATCAGCGCGCCCTTCTCACCTGCGGCAGTCAGCACAGTACGGATACCGCCGTTGATCCAGCCACCAAAGGGGGtga > 1:541793/1‑150 (MQ=255) aacaaAACCTGCGGCTTTGTTGATCGGGCCACCAAGGTCGATTGCTGTCGCCGCGGCGATCCCCATTGCGTACATCAGCGCGCCCTTCTCACCTGCGGCAGTCAGCACAGTACGGATACCGCCGTTGATCCAGCCACCAAAGGGGGtgat > 2:1244010/1‑150 (MQ=255) 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aCCTGCGGCTTTGTTGATCGGGCCACCAAGGTCGATTGCTGTCGCCGCGGCGATCCCCATTGCGTACATCAGCGCGCCCTTCTCACCTGCGGCAGTCAGCACAGTACGGATACCGCCGTTGATCCAGCCACCAAAGGGGGTGATGACgta > 1:196953/1‑150 (MQ=255) | GGATAAAGTTGAGCGTTGAACAGGCGTTTGCCGGTTAAACGACGGTCGATAATGGTCGCCAGCCCCAGACCAATCGGCGGAATAACGATAGCGATAGAACGAGCGGTGACCGGTAATACGTGGTCAGTGGTAAAGCTGAAGGCAACAAAACCTGCGGCTTTGTTGATCGGGCCACCAAGGTCGATTGCTGTCGCCGCGGCGATCCCCATTGCGTACATCAGCGCGCCCTTCTCACCTGCGGCAGTCAGCACAGTACGGATACCGCCGTTGATCCAGCCACCAAAGGGGGTGATGACGTA > NC_000913/2506957‑2507255 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |