Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,540,269 | G→C | 8.0% | L182L (CTC→CTG) | cysA ← | sulfate/thiosulfate ABC transporter ATP binding subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,540,269 | 0 | G | C | 8.0% | 553.8 / 20.0 | 166 | L182L (CTC→CTG) | cysA | sulfate/thiosulfate ABC transporter ATP binding subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (80/72); new base C (12/2); total (92/74) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.27e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
AAACGGGTCGCCGGTTCGCGCCATACCTGATCCGGCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAGAATTTGCGGTTCCACAGCCAGCGCGCGCGCCAGCGCCACGCGCTGTTTCTGGCCGCCGGAAAGCTGCGCCGGAT > NC_000913/2540120‑2540417 | ggTCGCCGGTTCGCGCCATACCTGATCCGGCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTg < 2:22937/150‑1 (MQ=255) ggTCGCCGGTTCGCGCCATACCTGATCCGGCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTg < 2:439905/150‑1 (MQ=255) gTCGCCGGTTCGCGCCATACCTGATCCGGCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGa > 1:258458/1‑150 (MQ=255) ccGGTTCGCGCCATACCTGATCCGGCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGca > 1:2427910/1‑150 (MQ=255) ggTTCGCGCCATACCTGATCCGGCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGcagc < 2:455326/150‑1 (MQ=255) ggTTCGCGCCATACCTGATCCGGCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGcagc < 1:1312630/150‑1 (MQ=255) cgcgCCATACCTGATCCGGCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGcagccagc < 2:1486749/150‑1 (MQ=255) gcgcCATACCTGATCCGGCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCg < 1:1533850/150‑1 (MQ=255) ccATACCTGATCCGGCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACg > 1:1600582/1‑150 (MQ=255) cATACCTGATCCGGCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCTCATCTTCACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGGGTTGACGGAGCCAGCGACGc < 2:2114959/150‑1 (MQ=255) cATACCTGATCCGGCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGc > 2:1903186/1‑150 (MQ=255) tACCTGATCCGGCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAg < 1:646094/150‑1 (MQ=255) ccTGATCCGGCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGct > 1:1769906/1‑150 (MQ=255) ccTGATCCGGCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGct > 1:615753/1‑150 (MQ=255) tGATCCGGCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGctct > 2:1520383/1‑150 (MQ=255) tGATCCGGCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGctct > 2:513468/1‑150 (MQ=255) gATCCGGCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCtt < 1:202321/150‑1 (MQ=255) gATCCGGCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCtt < 2:1311093/150‑1 (MQ=255) gATCCGGCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCtt > 2:2276242/1‑150 (MQ=255) tCCGGCGCGTCAGCCTGTTTAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTa < 2:1392968/150‑1 (MQ=255) ggCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGc < 2:785352/150‑1 (MQ=255) ggCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGc < 1:1428815/150‑1 (MQ=255) cgcgTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACTATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCAc > 2:474838/1‑150 (MQ=255) 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tGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATcc < 1:870369/150‑1 (MQ=255) cAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAgcg > 2:1204933/1‑150 (MQ=255) atatTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAgcgcg < 1:2413962/150‑1 (MQ=255) cagcgCCCTGACTCATCACCACTACACGATCGGCTACTTCGGTCGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACGAACACGCTGGTGAATTTCAGTTCTTCATGCAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAgcgcgc > 2:1997117/5‑150 (MQ=255) gtagCCCTGACTCATCACCACTACACGATCGGAAACTTCGGTGGCATCTACCGGGTCGTGGGTCACGAACACGCGGGTGAATTTCAGTTCTTCATGCAGTAGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGcc > 2:1486286/4‑150 (MQ=255) 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cacaAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAGAATTTGCGGTTCCACAGCCAGCGCGCGCGCCAGCGCCAcgcg > 2:1990534/1‑150 (MQ=255) caAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAGAATTTGCGGTTCCACAGCCAgcgcg > 2:373251/1‑131 (MQ=255) caAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAGAATTTGCGGTTCCACAGCCAGCGCGCGCGCCAGCGCCACGCGCt > 1:738460/1‑150 (MQ=255) caAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAGAATTTGCGGTTCCACAGCCAGCGCGCGCGCCAGCGCCACGCGCt > 1:159818/1‑150 (MQ=255) caAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAGAATTTGCGGTTCCACAGCCAGCGCGCGCGCCAGCGCCACGCGCt > 1:1300108/1‑150 (MQ=255) aaaCGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAGAATTTGCGGTTCCACAGCCAGCGCGCGCGCCAGCGCCACGCGCTGtt < 1:454741/150‑1 (MQ=255) aaCGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAGAATTTGCGGTTCCACAGCCAGCGCGCGCGCCAGCGCCACGCGCTGttt < 1:1288280/150‑1 (MQ=255) cTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAGAATTTGCGGTTCCACAGCCAGCGCGCGCGCCAGCGCCACGCGCTGTTTCTgg < 1:474838/150‑1 (MQ=255) tGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAGAATTTGCGGTTCCACAGCCAGCGCGCGCGCCAGCGCCACGCGCTGTTTCTGgc < 1:1204933/150‑1 (MQ=255) tGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAGAATTTGCGGTTCCACAGCCAGCGCGCGCGCCAGCGCCACGCGCTGTTTCTGgccgc > 1:1345541/1‑150 (MQ=255) tGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAGAATTTGCGGTTCCACAGCCAGCGCGCGCGCCAGCGCCACGCGCTGTTTCTGgccgc > 2:639822/1‑150 (MQ=255) ttcaGTTCTTCATTCAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACTCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAAAATTTGCGGTTCCACAGCCAGCGCGCGTGCAAGCGCCACACGCTGTTTCTGGCCGCCGGaa < 1:1193519/147‑1 (MQ=255) ttcaGTTCTTCATGCAGTGGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAAAATTTGCGGTTCCACAGCCAGCGCGCGTGCAAGCGCCACACGCTGTTTCTGGCCGCCGGaa < 1:891726/147‑1 (MQ=255) gTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAGAATTTGCGGTTCCACAGCCAGCGCGCGCGCCAGCGCCACGCGCTGTTTCTGGCCGCCGGAAAGCt < 1:564143/150‑1 (MQ=255) ttcttcATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAGAATTTGCGGTTCCACAGCCAGCGCGCGCGCCAGCGCCACGCGCTGTTTCTGGCCGCCGGAAAGCTg > 1:2282438/1‑150 (MQ=255) cttcATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAGAATTTGCGGTTCCACAGCCAGCGCGCGCGCCAGCGCCACGCGCTGTTTCTGGCCGCCGGAAAGCTgcg > 1:302119/1‑150 (MQ=255) cttcATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAGAATTTGCGGTTCCACAGCCAGCGCGCGCGCCAGCGCCACGCGCTGTTTCTGGCCGCCGGAAAGCTgcg < 2:2403102/150‑1 (MQ=255) tcATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAGAATTTGCGGTTCCACAGCCAGCGCGCGCGCCAGCGCCACGCGCTGTTTCTGGCCGCCGGAAAGCTGCGcc < 1:116291/150‑1 (MQ=255) cATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAGAATTTGCGGTTCCACAGCCAGCGCGCGCGCCAGCGCCACGCGCTGTTTCTGGCCGCCGGAAAGCTGCGCCg < 2:1767254/150‑1 (MQ=255) aTGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAGAATTTGCGGTTCCACAGCCAGCGCGCGCGCCAGCGCCACGCGCTGTTTCTGGCCGCCGGAAAGCTGCGCCgg > 1:938631/1‑150 (MQ=255) tGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAGAATTTGCGGTTCCACAGCCAGCGCGCGCGCCAGCGCCACGCGCTGTTTCTGGCCGCCGGAAAGCTGCGCCGGa < 1:2231423/150‑1 (MQ=255) ggAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAGAATTTGCGGTTCCACAGCCAGCGCGCGCGCCAGCGCCACGCGCTGTTTCTGGCCGCCGGAAAGCTGCGCCGGAt < 2:137209/150‑1 (MQ=255) | AAACGGGTCGCCGGTTCGCGCCATACCTGATCCGGCGCGTCAGCCTGTTCAATATTGCCCTGGCTCATCACAACTACACGATCAGCTACTTCGGTCGCTTCTTCCTGATCGTGGGTCACAAAAACGCTGGTGAATTTTAGTTCTTCATGGAGTTGACGCAGCCAGCGACGCAGCTCTTTACGCACCTGCGCATCCAGCGCGCCAAACGGTTCATCAAGCAGCAGAATTTGCGGTTCCACAGCCAGCGCGCGCGCCAGCGCCACGCGCTGTTTCTGGCCGCCGGAAAGCTGCGCCGGAT > NC_000913/2540120‑2540417 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |