Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,555,205 | G→C | 5.1% | intergenic (‑23/+23) | eutR ← / ← eutK | putative AraC‑type transcriptional regulator EutR/putative structural protein, ethanolamine utilization microcompartment |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,555,205 | 0 | G | C | 5.1% | 535.4 / 13.7 | 156 | intergenic (‑23/+23) | eutR/eutK | putative AraC‑type transcriptional regulator EutR/putative structural protein, ethanolamine utilization microcompartment |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (77/71); new base C (5/3); total (82/74) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.49e-01 |
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
TTCATAGACATCCGTTGTCTGTCGTTGATGAACATTATCCACTTCGACCTTCGGCGTGAGCTTCAGGTTTTCGGGTAAGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGCCACTTCTCCTGCCGTC > NC_000913/2555057‑2555354 | ttCATAGACATCCGTTGTCTGTCGTTGATGAACATTATCCACTTCGACCTTCGGCGTGAGCTTCAGGTTTTCGGGTAAGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAgg < 1:1700543/150‑1 (MQ=255) tCATAGACATCCGTTGTCTGTCGTTGATGAACATTATCCACTTCGACCTTCGGCGTGAGCTTCAGGTTTTCGGGTAAGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGa < 1:1939693/150‑1 (MQ=255) cATAGACATCCGTTGTCTGTCGTTGATGAACATTATCCACTTCGACCTTCGGCGTGAGCTTCAGGTTTTCGGGTAAGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGac > 2:561294/1‑150 (MQ=255) 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tttttCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGgccag > 1:1765377/1‑150 (MQ=255) ttCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGgccagcca < 1:1602656/150‑1 (MQ=255) ttCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGgccagcca < 1:1548249/150‑1 (MQ=255) cATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCaaa > 1:362045/1‑150 (MQ=255) atgatgTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAg > 1:957276/1‑150 (MQ=255) 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tAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGGTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAg > 1:702064/1‑150 (MQ=255) tGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGCCa < 2:2280942/150‑1 (MQ=255) tGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGCCa < 2:2271673/150‑1 (MQ=255) tGCCGGGTGTCCTACAACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGCCa > 1:520097/1‑150 (MQ=255) gCCGGGTGTCCTACAACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGCCAc > 2:1286790/1‑150 (MQ=255) ccGGGTGTCCTACAACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGCCACt > 1:328965/1‑150 (MQ=255) gggTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGCCACTtc < 2:170831/150‑1 (MQ=255) tgttgtAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGCCACTTCTcc < 2:2000948/150‑1 (MQ=255) ttgtAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGCCACTTCTCCTg > 2:1062275/1‑150 (MQ=255) gtAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGCCACTTCTCCTGcc > 2:139774/1‑150 (MQ=255) tAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGAAAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGCCACTTCTCCTGCCg > 2:1616873/1‑150 (MQ=255) | TTCATAGACATCCGTTGTCTGTCGTTGATGAACATTATCCACTTCGACCTTCGGCGTGAGCTTCAGGTTTTCGGGTAAGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGTCCCGGCAGAAAAGAGCTGTTCGAGCGCATTTCTGGCTTTTTCCAGCGGCCAGCCAAAGTGGGCAGCCACTTCTCCTGCCGTC > NC_000913/2555057‑2555354 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |