| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,560,996 | G→T | 19.0% | intergenic (+98/‑372) | yffL → / → yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein YffL/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein YffM |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,560,996 | 0 | G | T | 19.0% | 172.2 / 6.4 | 87 | intergenic (+98/‑372) | yffL/yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein YffL/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein YffM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/34); new base T (9/10); total (43/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCC > NC_000913/2560847‑2561144 | aaGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCg > 1:66580/1‑150 (MQ=255) ggAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa < 1:1455360/150‑1 (MQ=255) ggAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAATTTGCCGTTa > 1:1671658/1‑150 (MQ=255) gCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg < 1:217664/150‑1 (MQ=255) gCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg < 2:2398675/150‑1 (MQ=255) gCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTACCAGTTaaagag > 1:477369/1‑146 (MQ=255) gCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCAGTGAAggag > 2:1576943/1‑148 (MQ=255) cAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGCCTTTAAGGTgg > 2:1445068/1‑150 (MQ=255) cAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg > 1:1061727/1‑150 (MQ=255) aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:2410287/150‑1 (MQ=255) aCGAATACCAGTTATTATTGAAGACGTTCATGATGAAATTACGGAATCATGCGGGCAATGTTCGGTGCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGCTGGGGCAAATGTTGCGTTTAGTTGTGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGGt < 2:238336/150‑1 (MQ=255) aCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGTTGGGTAAAAATTTGAATTTAAGgtgtgt > 1:2404477/1‑150 (MQ=255) aCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGATTATGTTGGGTAAAAAGTTGAATTTAAGGAgggg > 2:1912719/1‑149 (MQ=255) cGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTc < 1:1713581/150‑1 (MQ=255) aTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaa < 1:283787/150‑1 (MQ=255) aCCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGTGTAAAAATTTGCATTTAAGGAGTGTaaaatt > 2:1695238/1‑148 (MQ=255) aCCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAg < 1:934663/150‑1 (MQ=255) ccAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGt > 1:1699409/1‑150 (MQ=255) aGTTATTATTCAAGCCATACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGCTGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGGTCAAAAGttt > 2:2368427/1‑149 (MQ=255) tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGATTTCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:2065580/150‑1 (MQ=255) tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:1714491/150‑1 (MQ=255) tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGACAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 2:2214811/150‑1 (MQ=255) attattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGt > 1:627174/1‑150 (MQ=255) attattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGt < 1:1198361/150‑1 (MQ=255) attCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa > 1:139349/1‑150 (MQ=255) ttCAAGCCTTACAACATGAAATAACTGAATCAGTCTTGCAATTTTCACGCCTTTTCTTTTCCTTAATTTAATGTATTCAGGTGGGTAAATAGTTGGCGTTTTTGGTGGGTCAAAAGTTTCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 2:1061727/150‑1 (MQ=25) cAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGACGTTAAggg > 2:243099/1‑149 (MQ=255) ccGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 1:605327/150‑1 (MQ=255) caacaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGGTCaaaa > 1:125587/1‑150 (MQ=255) aTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCATTTAAGGTGGGTCAAAATTTGAAGTTAAGGTGGGTCAAAAGttt > 1:1652674/1‑149 (MQ=255) aaaTAACCGAACACGCCGGGCAATTTTGGAGCCTTTTCTTTTCCATTAATGCATTAATTCCTGTGCGTCAAAATTTGCCGTTATTGGTGGGTCTATAGTTGCCGTTTATTTGGGTCAAATGTTGGCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 2:900362/150‑1 (MQ=12) aaTCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAATTTTCAGTTAAGGTGGGTGAAAATTTGAGGAGGAAGAAt > 2:420482/1‑150 (MQ=37) tCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGACGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGACGAGTAAGAAtta > 2:2477073/1‑149 (MQ=255) aGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTTGGTCAAAATTTGCCTTGTAGGAGGGTGAAAATTTGAAGTTTAGGTGTCGGTAATTTTGCGGAGTAAGGATTcta > 2:2075285/1‑150 (MQ=255) gctcggCATTTTTCCCGCCCTTTGATTTCCTTAATTCAATGAATTCTGTTGGGTTAAAATTTGGCTTTATTGGTGGGTAAAATGCTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctac < 2:128775/146‑1 (MQ=19) cGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCAGAGTAAGAATTctacta > 1:1702535/1‑150 (MQ=255) gggCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGGTGGGTAAAAATTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAATTTGCAGTTAAGGGGTGGCAAAATTTGAATAGTAAAAATTCTACTAt > 2:1709343/1‑150 (MQ=25) cggCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGCGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTAGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTAt < 1:1117980/149‑1 (MQ=255) ggCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCGTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTGGCCGTGAGAGGGGGGTCATAAGTTGCCGTGAAGGTGGGGCAATAGTTGGCGTGAAGGTGGCTGTAAAATTGCCGAGTAAGGTGTGTACTAtt > 2:2129815/1‑150 (MQ=255) gCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTGTGGTGGGTAAAAAGTTGAATTGAAGGTGGGTCAAAATTTGGAGTTTAGGTGGGGGAAAAGTTGCCTAGGAAGTATTgtaaaataa > 1:2066573/1‑144 (MQ=255) atttttCCCGCCCTTTTTTTCCCTTAATTCAATGAATTCATTTGCGTCAAAATTCGGCTTTATTGTTGGGTAAATAGTTGCCGTTAATGTGGGTCAAAAGTTTCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAg < 2:1468919/146‑1 (MQ=21) aaTGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGCCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAg < 1:544384/150‑1 (MQ=255) ccGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTCAAAATTTGCCTTTAAGGAGGGTCAAAATTTGAAGTGAACGGGGCGGAAAATTTTCCGAGTAACGATTGGACTATTAAGAAttaaa > 2:1299544/1‑147 (MQ=19) gCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGGTGGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGAGTGTCAAAATTTGCCGTTAAGGTGGCTGAAATTTTGACTAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTATAgg > 2:1707704/1‑150 (MQ=25) ccTTTTCTATGCCATAAATCCATGAATTCAGGGGGGTCAAAAGCCGCCCTTACTGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGc < 1:657068/150‑1 (MQ=37) cTTTTCCTTAATTCCATGAATTCAGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACggg < 2:387505/150‑1 (MQ=255) cTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGGAAAATTTGAAGAGTAAGAATTCTACTATTAAGATTTCTAGGCGACgtg > 1:2374757/1‑148 (MQ=38) ttGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑g < 1:312932/150‑1 (MQ=255) ttGCCATAATTCCATGAATTCATGTGTGTCAAAATTTCGCTTTATTGTTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑g < 2:347096/150‑1 (MQ=25) aatcaaTGAATTCAGGCGGGTCAAAAGCCGGCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAg < 2:270717/145‑1 (MQ=37) aatCCATGAATTCAGGTTCGTCAAAAGCAGCCTTTATTGGTGGGTCAAAAGCTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAg < 1:978968/148‑1 (MQ=37) aTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAg < 1:286338/150‑1 (MQ=255) aTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGATGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAg < 1:1445068/150‑1 (MQ=255) tcaaTGAATTCCGTTGCGTCTAAATTTGGCCTTACTGGTGGGTAACAAGTTGCCTTTAATGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGcc < 1:1576943/147‑1 (MQ=25) cATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTGAAAAGTTGCCGAGTAAGCATTCTTCTTTTATGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGGCTc > 1:1670507/1‑150 (MQ=37) cATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTc < 1:592526/150‑1 (MQ=255) aTGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTGAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGACTca > 1:2017879/1‑149 (MQ=255) cAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCcggtcgg > 1:265365/1‑150 (MQ=255) tctGGTTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGTTCAAAAGTTGCCTTTATGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTAAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCggtcggtc < 2:919386/148‑1 (MQ=38) ggggTCAAAAGTTGCCCTTAGTGGTGGGGCAAAAGCTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCAt < 1:1299544/149‑1 (MQ=255) gggTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTAAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCaga > 1:919386/1‑148 (MQ=255) ggTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATag < 1:420320/150‑1 (MQ=255) gataaaaTTTGCCTTTACTGGTGGCTCAAAAGCTGCCGTTTAGGTGCGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATaga < 2:1312284/147‑1 (MQ=38) cAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagaga > 1:2251876/1‑150 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGACGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagagag > 1:1505443/1‑150 (MQ=255) ttGCCCTTACTGGTGGGTAAAAACTTGCCGTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGcc < 1:1695238/150‑1 (MQ=38) ccGTTCGGGGGGGGTCAATTGTTGCCTTCATGGGGGGTCAAAAGTTGCCCTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTag < 1:149886/150‑1 (MQ=38) ccttAATGGTGGGTAAAATCTTGCCTTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTaga < 2:1431044/148‑1 (MQ=38) gTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTagag > 2:259566/1‑150 (MQ=255) tAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCCTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGAAAGAATTCTACTATTAAGAATACTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGtt > 2:1364684/1‑150 (MQ=255) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAAc < 1:2488149/150‑1 (MQ=255) tggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACag > 2:472018/1‑150 (MQ=255) ggggTCAAAACCTGCCGTTAACGTGGGTCAAAAGTTGCCCTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTATGCGACGGGAGGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACa < 1:1472552/149‑1 (MQ=38) gTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACagaag > 1:335633/1‑150 (MQ=255) gTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACagaag > 1:64296/1‑150 (MQ=255) gTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACagaag > 1:682456/1‑150 (MQ=255) ctaaataGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACagaag < 2:236115/144‑1 (MQ=255) tCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACagaaga > 1:1704211/1‑150 (MQ=255) tCAAAAGCTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGGGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACagaaga < 1:2358506/150‑1 (MQ=255) cataaGTTGCCGTTAAGTTGGGTCAAAAGCTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAgaagaa < 1:104320/147‑1 (MQ=255) cAAAAGTTGCCGTTAACGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAgaagaa < 1:2322895/150‑1 (MQ=255) aaaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAatt > 2:1891471/1‑150 (MQ=255) atcccgCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCCTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAatta < 1:159330/145‑1 (MQ=255) gCCTTTAATTTGGGTAAAAAGTTTGCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTcg < 2:1122222/150‑1 (MQ=255) gCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTcg > 2:648719/1‑150 (MQ=255) ccGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTcgc > 1:662565/1‑150 (MQ=255) ccGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCACGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTagc > 2:93680/1‑150 (MQ=255) cGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGCGTGGCCTAGAGTTAAACAGAACAATTATTTcgcc > 2:823580/1‑150 (MQ=255) | AAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGA‑GTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCC > NC_000913/2560847‑2561144 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |