| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,653,697 | C→T | 6.3% | intergenic (+358/‑158) | sseA → / → ryfA | 3‑mercaptopyruvate sulfurtransferase/small regulatory RNA RyfA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,653,697 | 0 | C | T | 6.3% | 542.8 / 14.5 | 174 | intergenic (+358/‑158) | sseA/ryfA | 3‑mercaptopyruvate sulfurtransferase/small regulatory RNA RyfA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (90/71); new base T (3/8); total (94/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 | |||||||||||
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
TGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTCTGTTAGTGTAT > NC_000913/2653549‑2653846 | cGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCg > 1:2414828/1‑150 (MQ=255) aaaataaCCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCTGATTTTGGCGGtttttt < 1:1430876/150‑1 (MQ=255) aaaataaCCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACAGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGACAAAATCAGGCGGtttttt > 1:1284571/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |