| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,716,033 | 0 | C | A | 7.5% | 501.8 / 12.3 | 151 | intergenic (+23/+33) | eamB/grcA | cysteine/O‑acetylserine exporter EamB/stress‑induced alternate pyruvate formate‑lyase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (55/84); new base A (10/2); total (65/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
GTTTGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGATATTTTTCCGG > NC_000913/2715884‑2716182 | ttGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGccc < 1:349781/150‑1 (MQ=255) cAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCtt < 1:2480383/150‑1 (MQ=255) aTGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTcc < 2:1393553/150‑1 (MQ=255) 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aaaaaaGCGGAAGAGGGCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCa < 2:2115705/150‑1 (MQ=255) aaGCGGAAGAGGGCGACCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTg > 2:1657397/1‑150 (MQ=255) gCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCg < 1:1222470/150‑1 (MQ=255) gCGGAAGAGGGCGACCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCg > 1:1576499/1‑150 (MQ=255) gCGGAAGAGGGAGACCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTGGCAGTTAAGGTACGAGCGATAACGTCGAGCTGCTGTTGCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCg > 2:402864/1‑150 (MQ=38) gggAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCgg < 1:1598223/149‑1 (MQ=255) cGGAAGAGGGCGACCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCgg > 1:569421/1‑150 (MQ=255) agagGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGatat > 1:673760/1‑150 (MQ=255) gagGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGATAtt < 2:1038248/150‑1 (MQ=255) ggTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGATAtttt > 1:2469160/1‑150 (MQ=255) gTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGATAttttt < 2:1726163/150‑1 (MQ=255) gTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGATAttttt > 1:647764/1‑150 (MQ=255) tCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGATATTTTTc < 1:1813287/150‑1 (MQ=255) tCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGATATTTTTc < 2:1935945/150‑1 (MQ=255) tCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGATATTTTTc > 2:1570549/1‑150 (MQ=255) gCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGATATTTTTCCg < 1:916467/150‑1 (MQ=255) | GTTTGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGATATTTTTCCGG > NC_000913/2715884‑2716182 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |