Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 302,225 | T→A | 7.0% | N117Y (AAT→TAT) | paoA ← | aldehyde dehydrogenase, Fe‑S subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 302,225 | 0 | T | A | 7.0% | 481.1 / 19.5 | 156 | N117Y (AAT→TAT) | paoA | aldehyde dehydrogenase, Fe‑S subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (84/61); new base A (9/2); total (93/63) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.18e-01 |
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
TTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTCGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCCGTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGTATCCACCTCAAGCTGCTCGGTTTTGCCGTTCA > NC_000913/302079‑302374 | ttGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTCGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAg < 2:1473207/150‑1 (MQ=255) tGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTCGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGc < 1:1684418/150‑1 (MQ=255) tGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTCGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGc > 2:1374173/1‑150 (MQ=255) tGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTCGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGc > 1:1951288/1‑150 (MQ=255) gCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTCGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGcc > 1:1232620/1‑150 (MQ=255) gCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTCGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGcc > 1:1378767/1‑150 (MQ=255) gCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTCGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGcc < 1:882957/150‑1 (MQ=255) cccGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTCGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGCCt > 1:1279934/1‑150 (MQ=255) 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gtcgcaggctTAATGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCCGTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGTATCCACCTCAAGCTGCTCGGt > 1:739312/4‑150 (MQ=255) aggcaggcATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCCGTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGTATCCACCTCAAGCTGCTCGGtt > 1:17431/1‑150 (MQ=255) ggcaggcaTTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCCGTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGTATCCACCTCAAGCTGCTCGGttt > 1:232526/1‑150 (MQ=255) gcaggcaTTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCCGTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGTATCCACCTCAAGCTGCTCGGtttt > 1:1449299/1‑150 (MQ=255) caggcaTTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCCGTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGTATCCACCTCAAGCTGCTCGGTTTTg > 2:1090267/1‑150 (MQ=255) 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ttAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCCGTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGTATCCACCTCAAGCTGCTCGGTTTTGCCGTTc < 1:1300567/150‑1 (MQ=255) ttAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCCGTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGTATCCACCTCAAGCTGCTCGGTTTTGCCGTTc < 2:2163221/150‑1 (MQ=255) | TTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTCGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCCGTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGTTCGGGTATCCACCTCAAGCTGCTCGGTTTTGCCGTTCA > NC_000913/302079‑302374 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |