Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,788,671 | 0 | A | T | 6.6% | 559.7 / 15.8 | 176 | intergenic (+22/‑314) | ygaQ/csiD | putative uncharacterized protein YgaQ/PF08943 family protein CsiD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (83/81); new base T (4/8); total (87/89) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 |
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
CCGAAAAATTATCCCCCCTGGTAAAGTATTTACGCTTAGAGGCGGAACTCTAAATATCAATATTCCTGGGCGTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGAGAACCGCCGAACTATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGATAAAACGGGGCAGATAATATGTTTAGTTTACTAACGGTCATTTTGCAGTGAAGCCATTTACTGTTTTTTATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCC > NC_000913/2788523‑2788820 | ccGAAAAATTATCCCCCCTGGTAAAGTATTTACGCTTAGAGGCGGAACTCTAAATATCAATATTCCTGGGCGTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGAGAACCGCCGAACTATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGAt > 2:133657/1‑150 (MQ=255) ccGAAAAATTATCCCCCCTGGTAAAGTATTTACGCTTAGAGGCGGAACTCTAAATATCAATATTCCTGGGCGTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGAGAACCGCCGAACTATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGAt > 2:323285/1‑150 (MQ=255) cGAAAAATTATCCCCCCTGGTAAAGTATTTACGCTTAGAGGCGGAACTCTAAATATCAATATTCCTGGGCGTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGAGAACCGCCGAACTATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGATa < 2:1233752/150‑1 (MQ=255) 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cccGATAAAACGGGGCAGATAATATGTTTAGTTTACTAACGGTCATTTTGCAGTGAAGCCATTTACTGTTTTTTATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACtt > 1:1880902/1‑150 (MQ=255) aTAAAACGGGGCAGATAATATGTTTAGTTTACTAACGGTCATTTTGCAGTGAAGCCATTTACTGTTTTTTATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGcc < 2:2203674/150‑1 (MQ=255) | CCGAAAAATTATCCCCCCTGGTAAAGTATTTACGCTTAGAGGCGGAACTCTAAATATCAATATTCCTGGGCGTAGCGCTCTTCTTTTAGGGAAAACAGGAGAACCGCCGAACTATCTCTATTTATAATTTAATGTTATATCTGCCCCGATAAAACGGGGCAGATAATATGTTTAGTTTACTAACGGTCATTTTGCAGTGAAGCCATTTACTGTTTTTTATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCC > NC_000913/2788523‑2788820 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |