| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,892,552 | C→T | 10.1% | T113T (ACC→ACT) ‡ | queD → | 6‑carboxy‑5,6,7,8‑tetrahydropterin synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,892,552 | 0 | C | T | 10.1% | 455.0 / 26.0 | 158 | T113T (ACC→ACT) ‡ | queD | 6‑carboxy‑5,6,7,8‑tetrahydropterin synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (85/57); new base T (9/7); total (94/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
CCAACCTACGAGCGCCTCGATCACCATTATCTCAATGATATTCCAGGTCTGGAAAACCCAACCAGCGAGGTTTTAGCAAAATGGATTTGGGATCAGGTTAAACCCGTTGTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGATGGTAAAAGAAACCTGCACCGCAGGTTGTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTTGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTATTGCA > NC_000913/2892403‑2892701 | ccaaccTACGAGCGCCTCGATCACCATTATCTCAATGATATTCCAGGTCTGGAAAACCCAACCAGCGAGGTTTTAGCAAAATGGATTTGGGATCAGGTTAAACCCGTTGTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGATGGTAAAAGAAACCTGCAcc > 2:2313538/1‑150 (MQ=255)ccaaccTACGAGCGCCTCGATCACCATTATCTCAATGATATTCCAGGTCTGGAAAACCCAACCAGCGAGGTTTTAGCAAAATGGATTTGGGATCAGGTTAAACCCGTTGTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGATGGTAAAAGAAACCTGCAcc < 2:139275/150‑1 (MQ=255)ccaaccTACGAGCGCCTCGATCACCATTATCTCAATGATATTCCAGGTCTGGAAAACCCAACCAGCGAGGTTTTAGCAAAATGGATTTGGGATCAGGTTAAACCCGTTGTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGATGGTAAAAGAAACCTGCAcc > 1:1735063/1‑150 (MQ=255) 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aaCCTGCACCGCAGGTTGTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCGATGTTAGGGTGTTGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGcc < 1:155639/150‑1 (MQ=255) ccTGCACCGCAGGTTGTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTTGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCgg > 1:2203844/1‑150 (MQ=255) ccTGCACCGCAGGTTGTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTTGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCgg < 1:1513657/150‑1 (MQ=255) cTGCACCGCAGGTTGTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTTGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGt > 2:901267/1‑150 (MQ=255) cTGCACCGCAGGTTGTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTTGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGt > 1:382758/1‑150 (MQ=255) 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cGCAGGTTGTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTTGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTATTGCa < 2:706859/150‑1 (MQ=255) cGCAGGTTGTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGGGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTTGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTATTGCa < 2:1735063/150‑1 (MQ=255) | CCAACCTACGAGCGCCTCGATCACCATTATCTCAATGATATTCCAGGTCTGGAAAACCCAACCAGCGAGGTTTTAGCAAAATGGATTTGGGATCAGGTTAAACCCGTTGTGCCGCTGTTAAGTGCGGTGATGGTAAAAGAAACCTGCACCGCAGGTTGTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTTGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTATTGCA > NC_000913/2892403‑2892701 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |