Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,923,969 | C→G | 10.3% | E49Q (GAG→CAG) | yqcC ← | DUF446 domain‑containing protein YqcC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,923,969 | 0 | C | G | 10.3% | 449.7 / 35.1 | 146 | E49Q (GAG→CAG) | yqcC | DUF446 domain‑containing protein YqcC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (59/72); new base G (5/10); total (64/82) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.59e-01 |
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
TTCCAGCTCAGCCAGAATAAGCGCGCGTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACGGTTGGGTACTATTAAATTGATGCGGCTGGGGTTCATCGTTTCGCCAGTGCTGATGTTCACGCAGTAACGCTTCAAGCGCCTGCAACTGGAGACGAACGCGGTCATGAGTGGTCATAAAG > NC_000913/2923820‑2924117 | tCCAGCTCAGCCAGAATAAGCGCGCGTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTcc > 2:1983581/1‑150 (MQ=255) cAGCTCAGCCAGAATAAGCGCGCGTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAg > 1:2276911/1‑150 (MQ=255) aGCTCAGCCAGAATAAGCGCGCGTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGt > 1:1175250/1‑150 (MQ=255) cTCAGCCAGAATAAGCGCGCGTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTgg < 2:571450/150‑1 (MQ=255) gCCAGAATAATCGCGCGTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTc < 2:627442/149‑1 (MQ=255) gCCAGAATAAGCGCGCGTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTcc > 1:2246635/1‑150 (MQ=255) gCCAGAATAAGCGCGCGTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTcc > 2:467394/1‑150 (MQ=255) cAGAATAAGCGCGCGTTGCGGATGGTCCGTCTCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAAACACTGGAGTGGTTGCag < 2:133702/150‑2 (MQ=255) 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atggaaCCACTGGAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACGGTTGGGTACTATTAAATTGATGCGGCTGGGGTTCATCGTTTCGCCAGTGCTGATGTTCACGCAGTAACGCTTCAAGCGCCTGCAACTGGAGACGAACGCGGTCATGAGt > 1:1220756/5‑150 (MQ=255) ggaaCCACTGGAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACGGTTGGGTACTATTAAATTGATGCGGCTGGGGTTCATCGTTTCGCCAGTGCTGATGTTCACGCAGTAACGCTTCAAGCGCCTGCAACTGGAGACGAACGCGGTCATGAGTgg > 2:545315/3‑150 (MQ=255) gCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACGGTTGGGTACTATTAAATTGATGCGGCTGGGGTTCATCGTTTCGCCAGTGCTGATGTTCACGCAGTAACGCTTCAAGCGCCTGCAACTGGAGACGAACGCGGTCATGAGTgg < 2:2125629/150‑1 (MQ=255) gaaCCACTGGAGTGGTTGCATGGTGTCCATAAAGAACGGTTGGGTACTATTAAATTGATGCGGCTGGGGTTCATCGTTTCGCCAGTGCTGATGTTCACGCAGTAACGCTTCAAGCGCCTGCAACTGGAGACGAACGCGGTCATGAGTGGt > 2:1257356/2‑150 (MQ=255) aCCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACGGTTGGGTACTATTAAATTGATGCGGCTGGGGTTGATCGTTTCGCCAGTGCTGATGTTCACGCAGTAACGCTTCAAGCGCCTGCAACTGGAGACGAACGCGGTCATGAGTGGTCa > 1:1694265/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |