| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 317,566 | G→A | 8.7% | intergenic (‑430/+160) | ykgA ← / ← rclC | putative DNA‑binding transcriptional regulator YkgA/reactive chlorine species resistance protein C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 317,566 | 0 | G | A | 8.7% | 441.5 / 20.7 | 150 | intergenic (‑430/+160) | ykgA/rclC | putative DNA‑binding transcriptional regulator YkgA/reactive chlorine species resistance protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/77); new base A (8/5); total (66/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
ATTGCAGATGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCTTCATCATCAGAAAGGGGGCCTGACGCCTGAAAAAGTGAACAACAGACAGT > NC_000913/317416‑317715 | ttGCAGATGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACAtgattg < 2:274178/150‑1 (MQ=255) gCAGATGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGCTTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACAtgattgat > 1:1360938/1‑150 (MQ=255) gCAGATGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACAtgattgat > 1:328009/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |