| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,044,530 | G→T | 6.6% | R290L (CGC→CTC) | bglA → | 6‑phospho‑beta‑glucosidase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,044,530 | 0 | G | T | 6.6% | 398.0 / 5.9 | 121 | R290L (CGC→CTC) | bglA | 6‑phospho‑beta‑glucosidase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/57); new base T (7/2); total (62/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TATGCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAACCCGGACGATGTGATGTTCGCTCAGGAGTCGATGCGCGAACGCTACGTCTTTACCGATGTGCAGCTACGCGGCTATTACCCGTCCTATGTGTTGAACGAGTGGGAGCGTCGCGGATTTAACATCAAAATGGAAGACGGCGATCTGGATGTGCTGCGTGAAGGCACCTGCGATTATCTTGGTTTCAGCTATTACATGACCAATGCAGTGAAGGCCGAAGGCGGCACCGGCGATGCGATCTCTGGTTTTGAAGGCAGCGTA > NC_000913/3044381‑3044678 | tATGCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAACCCGGACGATGTGATGTTCGCTCAGGAGTCGATGCGCGAACGCTACGTCTTTACCGATGTGCAGCTACGCGGCTATTACCCGTCCTATGTGTTGAACGAGTGGGAGCGTcg < 1:315623/150‑1 (MQ=255) tGCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAAGCCGGACGATGGGATGTTCGCTCAGGAGTCGATGCGCGAACGCTACGTCTTTACCGATGTGCAGCTACGGGGCTATTACCCGTCCTATGTGTTGAACGAGTGGGAGCGGcgcg < 1:1200388/150‑1 (MQ=255) gCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAACCCGGACGATGTGATGTTCGCTCAGGAGTCGATGCGCGAACGCTACGTCTTTACCGATGTGCAGCTACGCGGCTATTACCCGTCCTATGTGTTGAACGAGTGGGAGCGTCGCgg > 1:2128223/1‑150 (MQ=255) 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ttGAACGAGTGGGAGCGTCGCGGATTTAACATCAAAATGGAAGACGGCGATCTGGATGTGCTGCGTGAAGGCACCTGCGATTATCTTGGTTTCAGCTATTACATGACCAATGCAGTGAAGGCCGAAGGCGGCACCGGCGATGCGATctct > 2:7275/1‑150 (MQ=255) tGAACGAGTGGGAGCGTCGCGGATTTAACATCAAAATGGAAGACGGCGATCTGGATGTGCTGCGTGAAGGCACCTGCGATTATCTTGGTTTCAGCTATTACATGACCAATGGAGTGAAGGCCGAAGGCGGGACCGGCGATGCGCTCTCTg > 1:1094699/1‑150 (MQ=255) gAACGAGTGGGAGCGTCGCGGATTTAACATCAAAATGGAAGACGGCGATATGGATGTGCTGCGTGAAGGCACCTGAGATTATCTTGGTTTCAGCTATTACATGACCAATGCAGTGAAGGCCGAAGGCGGCACCGGCGATGCGATCTCTgg > 2:1667673/1‑150 (MQ=255) gAGTGGGAGCGTCGCGGATTTAACATCAAAATGGAAGACGGCGAGCTGGATGTGCTGCGTGAAGGCACCTGCGATTATCTTGGTTTCAGCTATTACATGACCAATGCAGTGAAGGCCGAAGGCGGCACCGGCGATGCGATCTCTGGtttt < 2:2347306/150‑1 (MQ=255) gTGGGAGCGTCGCGGATTTAACATCAAAATGGAAGACGGCGATCTGGATGTGCTGCGTGAAGGCACCTGCGATTATCTTGGTTTCAGCTATTACATGACCAATGCAGTGAAGGCCGAAGGCGGCACCGGCGATGCGATCTCTGGTTTTGa < 2:1608100/150‑1 (MQ=255) 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cgcgGATTTAACATCAAAATGGAAGACGGCGATCTGGATGTGCTGCGTGAAGGCACCTGCGATTATCTTGGTTTCAGCTATTACATGACCAATGCAGTGAAGGCCGAAGGCGGCACCGGCGATGCGATCTCTGGTTTTGAAGGCAGCGTa < 1:1669260/150‑1 (MQ=255) cgcgGATTTAACATCAAAATGGAAGACGGCGATCTGGATGTGCTGCGTGAAGGCACCTGCGATTATCTTGGTTTCAGCTATTACATGACCAATGCAGTGAAGGCCGAAGGCGGCACCGGCGATGCGATCTCTGGTTTTGAAGGCAGCGTa > 2:1650855/1‑150 (MQ=255) | TATGCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAACCCGGACGATGTGATGTTCGCTCAGGAGTCGATGCGCGAACGCTACGTCTTTACCGATGTGCAGCTACGCGGCTATTACCCGTCCTATGTGTTGAACGAGTGGGAGCGTCGCGGATTTAACATCAAAATGGAAGACGGCGATCTGGATGTGCTGCGTGAAGGCACCTGCGATTATCTTGGTTTCAGCTATTACATGACCAATGCAGTGAAGGCCGAAGGCGGCACCGGCGATGCGATCTCTGGTTTTGAAGGCAGCGTA > NC_000913/3044381‑3044678 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |