| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,182,806 | C→A | 6.0% | P86Q (CCA→CAA) | zupT → | heavy metal divalent cation transporter ZupT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,182,806 | 0 | C | A | 6.0% | 455.0 / 10.6 | 134 | P86Q (CCA→CAA) | zupT | heavy metal divalent cation transporter ZupT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (68/58); new base A (4/4); total (72/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
GCTAGGTTTTGCGGCGGGGATCATGTTGCTCATCTCATTAATGGAAATGCTTCCTGCCGCACTAGCAGCTGAAGGAATGTCGCCTGTGTTGGGTTATGGAATGTTTATCTTCGGTCTGCTTGGCTATTTTGGCCTGGACCGCATGTTGCCACATGCTCATCCGCAGGATTTAATGCAAAAATCGGTGCAGCCGTTGCCAAAATCGATCAAGCGCACAGCCATTCTGCTCACTCTCGGCATCAGTCTGCATAACTTCCCGGAAGGGATTGCCACCTTTGTCACGGCGAGCAGCAACCTG > NC_000913/3182657‑3182954 | gCTATGTTTTGCGGGGGGGATCCTGTTGCTCATCTCATTAATGCAAATGCTTCCTGCCGCACTAGCAGCTGAAGGATTGTCGCCTGTGTTGGGTTATGGAATGTTTATCTTCGGTCTGCTTGGCTATTTTGGCCTGGACCGCATGTTGcc < 2:2195229/150‑1 (MQ=255)gCTAGTTTTTGCGGCGGGGATCATGTTGCTCATCTCATTAATGGAATTGCTTCCTGCCGCACTAGCAGCTGATGGAATGTCGCCTGTGTTGGGTTATGGAATGTTTATCTTCGGTCTGCTTGGCTATTTTGGCCTGGACCGCATGTTGcc < 2:1471752/150‑1 (MQ=255)gCTAGGTTTTGCGGCGGGGATCATGTTGCTCATCTCATTAATGGAAATGCTTCCTGCCGCACTAGCAGCTGAAGGAATGTCGCCTGTGTTGGGTTATGGAATGTTTATCTTCGGTTTGCTTGGCTATTTTGGCCTGGACCGCATGTTGcc < 2:463800/150‑1 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ggatgagCATGTGGCAACATGCTCATCCGCAGGATTTAATGCAAAAATCGGTGCAGCCGTTGCCAAAATCGATCAAGCGCACAGCCATTCTGCTCACTCTCGGCATCAGTCTGCATAACTTCCCGGAAGGGATTGCCACCTTTGTCACgg > 1:1527304/7‑150 (MQ=255) ggatgagCATGTGGCAACATGCTCATCCGCAGGATTTAATGCAAAAATCGGTGCAGCCGTTGCCAAAATCGATCAAGCGCACAGCCATTCTGCTCACTCTCGGCATCAGTCTGCATAACTTCCCGGAAGGGATTGCCACCTTTGTCACgg > 2:1637015/7‑150 (MQ=255) ggACCGCATGTTGCCACATGCTCATCCGCAGGATTTAATGCAAAAATCGGTGCAGCCGTTGCCAAAATCGATCAAGCGCACAGCCATTCTGCTCACTCTCGGCATCAGTCTGCATAACTTCCCGGAAGGGATTGCCACCTTTGTCACGGc > 1:906499/1‑150 (MQ=255) gatgagCATGTGGCAACATGCTCATCCGCAGGATTTAATGCAAAAATCGGTGCAGCCGTTGCCAAAATCGATCAAGCGCACAGCCATTCTGCTCACTCTCGGCATCAGTCTGCATAACTTCCCGGAAGGGATTGCCACCTTTGTCACGGc > 2:1432399/6‑150 (MQ=255) gACCGCATGTTGCCACATGCTCATCCGCAGGATTTAATGCAAAAATCGGTGCAGCCGTTGCCAAAATCGATCAAGCGCACAGCCATTCTGCTCACTCTCGGCATCAGTCTGCATAACTTCCCGGAAGGGATTGCCACCTTTGTCACGGCg < 2:1285317/150‑1 (MQ=255) 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ccACATGCTCATCCGCAGGATTTAATGCAAAAATCGGTGCAGCCGTTGCCAAAATCGATCAAGCGCACAGCCATTCTGCTCACTCTCGGCATCAGTCTGCATAACTTCCCGGAAGGGATTGCCACCTTTGTCACGGCGAGCAGCAACCTg > 2:1434283/1‑150 (MQ=255) | GCTAGGTTTTGCGGCGGGGATCATGTTGCTCATCTCATTAATGGAAATGCTTCCTGCCGCACTAGCAGCTGAAGGAATGTCGCCTGTGTTGGGTTATGGAATGTTTATCTTCGGTCTGCTTGGCTATTTTGGCCTGGACCGCATGTTGCCACATGCTCATCCGCAGGATTTAATGCAAAAATCGGTGCAGCCGTTGCCAAAATCGATCAAGCGCACAGCCATTCTGCTCACTCTCGGCATCAGTCTGCATAACTTCCCGGAAGGGATTGCCACCTTTGTCACGGCGAGCAGCAACCTG > NC_000913/3182657‑3182954 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |