Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,401,582 | A→T | 5.7% | L584Q (CTG→CAG) | csrD ← | regulator of CsrB and CsrC decay |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,401,582 | 0 | A | T | 5.7% | 504.6 / 12.1 | 157 | L584Q (CTG→CAG) | csrD | regulator of CsrB and CsrC decay |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (64/84); new base T (5/4); total (69/88) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.08e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
CAAGTGGCTGTGAGGACGCGAAAAAATCCCCTTGCCCGCCTGTAACACCGCGCTGAATCAGGGTCTGCCACTCGCTTCGCGAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAA > NC_000913/3401433‑3401731 | cAAGTGGCTGTGAGGACGCGAAAAAATCCCCTTGCCCGCCTGTAACACCGCGCTGAATCAGGGTCTGCCACTCGCTTCGCGAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACcagca < 1:1147501/150‑1 (MQ=255) gTGGCTGTGAGGACGCGAAAAAATCCCCTTGCCCTCCTGTAACACCGCGCTGAATCAGGGTCTGCCACTCGCTTCGCGAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCt < 2:1180340/150‑1 (MQ=255) gTGGCTGTGAGGACGCGAAAAAATCCCCTTGCCCGCCTGTAACACCGCGCTGAATCAGGGTCTGCCACTCGCTTCGCGAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCt > 1:1592041/1‑150 (MQ=255) gTGGCTGTGAGGACGCGAAAAAATCCCCTTGCCCGCCCGTAACACCGCGCTGAATCAGGGTCTGCCACTCGCTTCGCGAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCt < 2:560161/150‑1 (MQ=255) ggCTGTGAGGACGCGAAAAAATCCCCTTGCCCGCCTGTAACACCGCGCTGAATCAGGGTCTGCCACTCGCTTCGCGAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTgg > 2:249153/1‑150 (MQ=255) ggCTGTGAGGACGCGAAAAAATCCCCTTGCCCGCCTGTAACACCGCGCTGAATCAGGGTCTGCCACTCGCTTCGCGAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTgg < 1:1787197/150‑1 (MQ=255) gCTGTGAGGACGCGAAAAAATCCCCTTGCCCGCCTGTAACACCGCGCTGAATCAGGGTCTGCCACTCGCTTCGCGAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGt < 2:2362645/150‑1 (MQ=255) tgAGGACGCGAAAAAATCCCCTTGCCCGCCTGTAACACCGCGCTGAATCTGTTTCTGCCACTGGCTTCGCGAACGCACGCAGGTGGCGTAAACCTGTGTGCTGGTCCCGGAGCAGGATTCCA‑CAGGCTTTGAACCAGCTGCTGGTtcaaa < 2:887770/150‑4 (MQ=255) gAGGACGCGAAAAAATCCCCTTGCCCGCCTGTAACACCGCGCTGAATCAGGGTCTGCCACTCGCTTCGCGAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCTGCTGGTtcaaa < 1:1121088/150‑4 (MQ=255) aGGACGCGAAAAAATCCCCTTGCCCGCCTGTAACACCGCGCTGGATCAGGGGCTGCCACTCGCTTCGCGAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCTGCTGGTtcaaag < 1:1267659/150‑5 (MQ=255) aGGACGCGAAAAAATCCCCTTGCCCGCCTGTAACACCGCGCTGAATCAGGGTCTGCCACTCGCTTCGCGAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCTGCTGGTtcaaag < 1:39517/150‑5 (MQ=255) ggACGCGAAAAAATCCCCTTGCCCGCCTGTAACACCGCGCTGAATCAGGGTCTGCCACTCGCTTCGCGAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGt > 1:1937905/1‑150 (MQ=255) ccaCGCCAAAAAATCCCCTTGCCCGCCTGAAAAACCGCGCTGAATCAGGGACTGCAACTCTCTTCGCAAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTccat > 2:339260/3‑148 (MQ=255) aCGCGAAAAAATCCCCTTGCCCGCCTGTAACACCGCGCTGAATCAGGGTCTGCCACTCGCTTCGCGAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTc < 2:1555059/150‑1 (MQ=255) cgAAAAAATCCCCTTGCCCGCCTGTAACACCGCGCTGAATCAGGGTCTGCCACTCGCTTCGCGAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCt > 2:2273752/1‑150 (MQ=255) cgAAAAAATCCCCTTGCCCGCCTGTAACACCGCGCTGAATCAGGGTCTGCCACTCGCTTCGCGAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCt > 2:179216/1‑150 (MQ=255) cgAAAAAATCCCCTTGCCCGCCTGTAACACCGCGCTGAATCAGGGTCTGCCACTCGCTTCGCGAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCt > 2:1531116/1‑150 (MQ=255) aaaaaaTCCCCTTGCCCGCCTGTAACACCGCGCTGAATCAGGGTCTGCCACTCGCTTCGCGAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTtc < 2:1546042/150‑1 (MQ=255) aaaaaaTCCCCTTGCCCGCCTGTAACACCGCGCTGAATCAGGGTCTGCCACTCGCTTCGCGAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTtc < 1:2024463/150‑1 (MQ=255) aaaaTCCCCTTGCCCGCCTGTAACACCGCGCTGAATCAGGGTCTGCCACTCGCTTCGCGAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTtctc < 2:474998/150‑1 (MQ=255) aaaaTCCCCTTGCCCGCCTGTAACACCGCGCTGAATCAGGGTCTGCCACTCGCTTCGCGAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTtctc < 1:448569/150‑1 (MQ=255) aaaTCCCCTTGCCCGCCTGTAACACCGCGCTGAATCAGGGTCTGCCACTCGCTTCGCGAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCa < 1:1298410/150‑1 (MQ=255) tCCCCTTGCCCGCCTGTAACACCGCGCTGAATCAGGGTCTGCCACTCGCTTCGCGAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATg > 1:823420/1‑150 (MQ=255) 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aGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACgg < 2:1535090/150‑1 (MQ=255) gCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTAcc < 2:276956/150‑1 (MQ=255) gCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTAcc > 2:765650/1‑150 (MQ=255) caccaGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTAc > 1:1036118/1‑150 (MQ=255) accaGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTAcc < 1:2178448/150‑1 (MQ=255) caGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTAcccc > 1:673709/1‑150 (MQ=255) tggCTTTGAAGCAGCAGCTGTTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCATCCCCGTATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCt < 2:832831/149‑1 (MQ=255) aGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCt < 1:2067616/150‑1 (MQ=255) tttGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAg < 2:1802078/150‑1 (MQ=255) tttGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAg < 2:441990/150‑1 (MQ=255) ttGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGc > 1:1999927/1‑150 (MQ=255) gagAACCAGCTGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATACAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGc > 2:1260779/3‑150 (MQ=255) gagAACCAGCTGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATACAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGc > 2:1323773/3‑150 (MQ=255) tGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCa > 1:102719/1‑150 (MQ=255) aCCAGCTGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTAAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTc > 2:1027148/1‑150 (MQ=255) aCCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTc < 2:409640/150‑1 (MQ=255) aCCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTc > 1:78862/1‑150 (MQ=255) agcagcTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGGATTCACt < 2:730098/150‑1 (MQ=255) agcagcTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACt < 1:1007219/150‑1 (MQ=255) gcagcTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTa < 2:380676/150‑1 (MQ=255) gcagcTGGTTCTACGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGAACAGCCCCGGATGGACCTTGAGTAACTCAACAATAAGTTCATTGATCAAACTGGTACTTACAAGCGTCAAACCATCCTGGTTGACCGCTACCCGTACCCCTTAACCATTCACTa > 2:1257364/1‑150 (MQ=255) agcTGGTTCTCCGTTCGCTTATCAATGTTTATGACCAGCCCCGGATCGAGCTTGAGTAACTCAACATAAAGTTCTTTGATCCAACTTGTAGTTACCAGCCTCAAACAAGCCTGGTTGATGCCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCAATaaa > 2:1990587/1‑150 (MQ=255) | CAAGTGGCTGTGAGGACGCGAAAAAATCCCCTTGCCCGCCTGTAACACCGCGCTGAATCAGGGTCTGCCACTCGCTTCGCGAACGCACGCCGGTGGCGTAAACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAA > NC_000913/3401433‑3401731 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |